More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_12930 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  100 
 
 
211 aa  421  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.02 
 
 
230 aa  248  6e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.02 
 
 
230 aa  248  6e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.49 
 
 
229 aa  245  3e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.83 
 
 
229 aa  226  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.66 
 
 
217 aa  223  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.84 
 
 
217 aa  222  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  53.5 
 
 
235 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.93 
 
 
260 aa  208  6e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.5 
 
 
202 aa  206  3e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.97 
 
 
217 aa  205  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.94 
 
 
225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.96 
 
 
216 aa  199  3e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  54.36 
 
 
496 aa  198  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.17 
 
 
208 aa  192  2e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 
495 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.36 
 
 
480 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.32 
 
 
222 aa  191  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.43 
 
 
224 aa  191  9e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 
211 aa  190  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.94 
 
 
224 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.77 
 
 
213 aa  188  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.08 
 
 
216 aa  188  5e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.31 
 
 
223 aa  188  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.88 
 
 
224 aa  187  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  52.08 
 
 
477 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.3 
 
 
213 aa  181  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.74 
 
 
209 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.97 
 
 
213 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
220 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.99 
 
 
206 aa  178  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.65 
 
 
428 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.72 
 
 
207 aa  167  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.29 
 
 
485 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  50.29 
 
 
474 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  50.55 
 
 
218 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  50.55 
 
 
218 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  50.55 
 
 
218 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.62 
 
 
217 aa  158  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.93 
 
 
217 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.43 
 
 
485 aa  158  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.49 
 
 
484 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.06 
 
 
476 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.44 
 
 
490 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.55 
 
 
244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
219 aa  154  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.52 
 
 
237 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
214 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.09 
 
 
223 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  42.71 
 
 
492 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.09 
 
 
223 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.54 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.44 
 
 
484 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.29 
 
 
491 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.03 
 
 
465 aa  150  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.88 
 
 
493 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.77 
 
 
207 aa  149  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.13 
 
 
479 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.89 
 
 
485 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.35 
 
 
476 aa  144  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.33 
 
 
485 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.91 
 
 
485 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.51 
 
 
493 aa  142  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.17 
 
 
546 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.05 
 
 
216 aa  132  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.62 
 
 
206 aa  131  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.77 
 
 
186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.96 
 
 
210 aa  125  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.41 
 
 
199 aa  125  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
203 aa  121  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.35 
 
 
201 aa  119  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.05 
 
 
209 aa  118  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.99 
 
 
249 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.67 
 
 
217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.98 
 
 
264 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.62 
 
 
207 aa  116  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  39.77 
 
 
255 aa  115  3.9999999999999997e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.54 
 
 
276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0365  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.78 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  37.93 
 
 
261 aa  112  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.3 
 
 
187 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  42.17 
 
 
507 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  38.07 
 
 
261 aa  112  6e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  41.21 
 
 
224 aa  111  9e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.14 
 
 
315 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  34.72 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0265  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.64 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.5 
 
 
380 aa  108  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.71 
 
 
195 aa  109  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.04 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  36.61 
 
 
292 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.27 
 
 
205 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.75 
 
 
209 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.59 
 
 
196 aa  108  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.455491  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.04 
 
 
193 aa  107  9.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.89 
 
 
330 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.04 
 
 
193 aa  107  9.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.27 
 
 
295 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2161  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.35 
 
 
191 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.336529  hitchhiker  0.000279236 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.61 
 
 
184 aa  107  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>