More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_11730 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  96 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>