More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_09890 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_09890  SSU ribosomal protein S2P  100 
 
 
278 aa  573  1.0000000000000001e-162  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5911  ribosomal protein S2  86.59 
 
 
304 aa  472  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00672322  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1668  ribosomal protein S2  77.98 
 
 
282 aa  451  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2104  ribosomal protein S2  78.7 
 
 
272 aa  447  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4133  30S ribosomal protein S2  81.3 
 
 
279 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.549369  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3113  ribosomal protein S2  79.17 
 
 
296 aa  443  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0242876 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12904  30S ribosomal protein S2  75.45 
 
 
287 aa  437  1e-121  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0383521  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1993  30S ribosomal protein S2  79.34 
 
 
284 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1974  30S ribosomal protein S2  79.34 
 
 
284 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.34334  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2039  30S ribosomal protein S2  79.34 
 
 
284 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.07144  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3581  30S ribosomal protein S2  79.77 
 
 
289 aa  429  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1161  30S ribosomal protein S2  78.63 
 
 
300 aa  426  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.404957 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3991  ribosomal protein S2  78.63 
 
 
316 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.273128  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0994  30S ribosomal protein S2  77.78 
 
 
303 aa  422  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.271344  normal  0.423917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1230  30S ribosomal protein S2  72.04 
 
 
279 aa  419  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133873  normal  0.0467572 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2209  30S ribosomal protein S2  86.22 
 
 
273 aa  418  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.092398  normal  0.16392 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1529  ribosomal protein S2  75.66 
 
 
344 aa  415  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0517108 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0676  30S ribosomal protein S2  77.01 
 
 
292 aa  411  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.560219  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1322  30S ribosomal protein S2  75.48 
 
 
295 aa  413  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0237  ribosomal protein S2  75.57 
 
 
314 aa  414  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.245227  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3410  ribosomal protein S2  79.47 
 
 
283 aa  409  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.7242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1863  Ribosomal protein S2-like protein  78.16 
 
 
317 aa  407  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2507  ribosomal protein S2  71.94 
 
 
353 aa  404  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282743  normal  0.375385 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2198  30S ribosomal protein S2  69.89 
 
 
297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.441521 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1180  ribosomal protein S2  73.86 
 
 
317 aa  404  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.920095  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1484  ribosomal protein S2  73.03 
 
 
326 aa  403  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.068355  normal  0.329281 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11190  SSU ribosomal protein S2P  72.24 
 
 
310 aa  402  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23610  SSU ribosomal protein S2P  72.45 
 
 
317 aa  397  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.699441  normal  0.141313 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1542  SSU ribosomal protein S2P  73.72 
 
 
275 aa  395  1e-109  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.3492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1415  ribosomal protein S2  68.86 
 
 
311 aa  392  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.451222 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1004  ribosomal protein S2  71.21 
 
 
283 aa  389  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.663705  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10120  SSU ribosomal protein S2P  67.03 
 
 
318 aa  386  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3243  SSU ribosomal protein S2P  66.32 
 
 
307 aa  384  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.191936  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06740  30S ribosomal protein S2  72.9 
 
 
285 aa  373  1e-102  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0485569  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1384  30S ribosomal protein S2  71.7 
 
 
291 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000357638 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1367  30S ribosomal protein S2  71.32 
 
 
294 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.480409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07650  ribosomal protein S2  67.86 
 
 
262 aa  335  3.9999999999999995e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000193238  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0403  30S ribosomal protein S2  62.07 
 
 
281 aa  322  4e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.000000078779  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1419  ribosomal protein S2  64.29 
 
 
233 aa  319  3e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000375862  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2033  30S ribosomal protein S2  61.44 
 
 
235 aa  319  3e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1427  SSU ribosomal protein S2P  65.18 
 
 
232 aa  317  1e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000006523  normal  0.078034 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0882  ribosomal protein S2  64.73 
 
 
236 aa  317  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000183579  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0606  ribosomal protein S2  65.18 
 
 
244 aa  316  3e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185332  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1661  30S ribosomal protein S2  62.45 
 
 
235 aa  315  5e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151826  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1141  30S ribosomal protein S2  62.44 
 
 
235 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000168885  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3709  30S ribosomal protein S2  63.39 
 
 
244 aa  311  9e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000237071  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1978  30S ribosomal protein S2  62.95 
 
 
232 aa  310  1e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000338661  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0809  ribosomal protein S2  57.14 
 
 
272 aa  311  1e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3839  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.22661e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3868  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000560898  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3678  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860084  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3568  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.7831e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3586  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000193043  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3965  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000002868  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3874  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2479  30S ribosomal protein S2  63.64 
 
 
233 aa  310  2e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000168536  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1316  30S ribosomal protein S2  57.61 
 
 
255 aa  308  4e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000315088  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1341  30S ribosomal protein S2  57.61 
 
 
255 aa  308  4e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000466794  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0823  30S ribosomal protein S2  57.2 
 
 
262 aa  308  5e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1318  30S ribosomal protein S2  62.73 
 
 
233 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000762012  hitchhiker  4.07369e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3925  30S ribosomal protein S2  62.73 
 
 
233 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000230027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3650  30S ribosomal protein S2  63.18 
 
 
233 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000272591  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1816  30S ribosomal protein S2  62.95 
 
 
257 aa  307  1.0000000000000001e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541904  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1032  SSU ribosomal protein S2P  57.83 
 
 
238 aa  305  5.0000000000000004e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000205725  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  58.65 
 
 
267 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3213  ribosomal protein S2  63.18 
 
 
248 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000321925  unclonable  0.000000000222969 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  55.82 
 
 
257 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2347  30S ribosomal protein S2  52.38 
 
 
291 aa  300  1e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1778  ribosomal protein S2  60.71 
 
 
274 aa  299  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1250  30S ribosomal protein S2  60.96 
 
 
251 aa  297  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000302151  hitchhiker  0.0000384341 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0742  ribosomal protein S2  56.97 
 
 
281 aa  296  3e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000127244  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0684  30S ribosomal protein S2  57.5 
 
 
262 aa  293  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000550841  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1006  30S ribosomal protein S2  59.82 
 
 
252 aa  293  3e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000128012  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2680  30S ribosomal protein S2  57.47 
 
 
246 aa  292  4e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000034456  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08130  SSU ribosomal protein S2P  60.91 
 
 
250 aa  292  5e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000058431  unclonable  0.00000000192008 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1520  ribosomal protein S2  59.29 
 
 
289 aa  291  6e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2044  30S ribosomal protein S2  55.46 
 
 
257 aa  291  6e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000116198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1921  30S ribosomal protein S2  58.77 
 
 
251 aa  288  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.264289  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0442  30S ribosomal protein S2  58.48 
 
 
252 aa  288  5.0000000000000004e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000051714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1485  30S ribosomal protein S2  57.63 
 
 
255 aa  288  6e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136898 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0123  30S ribosomal protein S2  57.27 
 
 
262 aa  288  7e-77  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.839635  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2756  30S ribosomal protein S2  57.63 
 
 
255 aa  288  8e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000868227  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0957  ribosomal protein S2  58.56 
 
 
280 aa  288  1e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0164  30S ribosomal protein S2  60.71 
 
 
262 aa  286  2e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0166  30S ribosomal protein S2  60.71 
 
 
260 aa  286  2e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940316  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1262  30S ribosomal protein S2  59.91 
 
 
289 aa  286  2.9999999999999996e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000765471  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3733  30S ribosomal protein S2  57.89 
 
 
256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000926335  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 
301 aa  285  5e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 
343 aa  285  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 
314 aa  285  7e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0578  ribosomal protein S2  61.61 
 
 
243 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  58.82 
 
 
315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0551  30S ribosomal protein S2  53.54 
 
 
262 aa  284  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000123187  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0926  30S ribosomal protein S2  59.38 
 
 
257 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148572  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1103  ribosomal protein S2  57.78 
 
 
278 aa  282  4.0000000000000003e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000271524  unclonable  9.34188e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  58.9 
 
 
301 aa  281  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0626  ribosomal protein S2  56.76 
 
 
237 aa  281  9e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.761856  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12270  SSU ribosomal protein S2P  54.03 
 
 
294 aa  280  1e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000736157  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0705  ribosomal protein S2  53.75 
 
 
250 aa  281  1e-74  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000421001  unclonable  0.0000000254138 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1442  30S ribosomal protein S2  56.6 
 
 
258 aa  280  2e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.333535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>