275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04160 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  100 
 
 
60 aa  117  7e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  83.33 
 
 
61 aa  102  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3399  ribosomal protein L30  74.58 
 
 
59 aa  87.4  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  69.49 
 
 
60 aa  87  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3688  ribosomal protein L30  71.67 
 
 
60 aa  86.3  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  2.84143e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
61 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  74.58 
 
 
59 aa  85.5  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  67.8 
 
 
60 aa  80.5  8e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 
62 aa  78.2  4e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
60 aa  77.8  5e-14  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  59.32 
 
 
60 aa  76.6  1e-13  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
60 aa  75.9  2e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  66.67 
 
 
65 aa  75.1  3e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  57.63 
 
 
60 aa  75.1  3e-13  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  60 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  62.71 
 
 
60 aa  73.6  9e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  58.33 
 
 
61 aa  73.2  1e-12  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  56.67 
 
 
60 aa  72  2e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  72  2e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
61 aa  71.2  4e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  57.89 
 
 
59 aa  71.2  5e-12  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  53.33 
 
 
60 aa  69.3  2e-11  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  53.33 
 
 
60 aa  68.9  2e-11  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  55.93 
 
 
59 aa  69.3  2e-11  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1062  50S ribosomal protein L30  72.34 
 
 
59 aa  68.9  2e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.000861748  normal  0.537655 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  57.63 
 
 
61 aa  68.6  3e-11  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  61.02 
 
 
61 aa  68.2  4e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  47.37 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  58.33 
 
 
61 aa  67.8  5e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
60 aa  67.4  6e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
61 aa  67.4  6e-11  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
58 aa  67.4  6e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
58 aa  67.4  6e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  49.15 
 
 
60 aa  67.4  7e-11  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  53.45 
 
 
58 aa  67  8e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  67  9e-11  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1050  50S ribosomal protein L30  70.21 
 
 
61 aa  67  9e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0317363  normal  0.122599 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1033  50S ribosomal protein L30  70.21 
 
 
61 aa  67  9e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  4.15927e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
60 aa  66.6  1e-10  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.19229e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
75 aa  65.9  2e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  6.50866e-05 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1725  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
61 aa  65.9  2e-10  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  6.57277e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0269  ribosomal protein L30  58.33 
 
 
60 aa  65.9  2e-10  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1358  ribosomal protein L30  58.18 
 
 
61 aa  66.2  2e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
65 aa  65.5  3e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  65.5  3e-10  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  64.7  4e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  58.18 
 
 
61 aa  64.7  4e-10  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  64.7  4e-10  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 
60 aa  64.7  4e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  56.67 
 
 
60 aa  64.7  5e-10  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  55.36 
 
 
61 aa  64.7  5e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  63.9  6e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  64.3  6e-10  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  63.9  6e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
62 aa  63.5  9e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
62 aa  63.5  9e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  62.8  2e-09  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
60 aa  62.8  2e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1104  ribosomal protein L30p/L7e  62.71 
 
 
60 aa  62  3e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0840523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
66 aa  62  3e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 
78 aa  62  3e-09  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0785  ribosomal protein L30  52.73 
 
 
62 aa  62  3e-09  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000912341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  52.73 
 
 
60 aa  61.2  4e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  61.2  4e-09  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0476  50S ribosomal protein L30P  50.88 
 
 
62 aa  61.6  4e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  52.73 
 
 
60 aa  60.8  5e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
59 aa  60.8  5e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.11905e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.37518e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.62232e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  60.8  6e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.814e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
59 aa  60.8  7e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
59 aa  60.8  7e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  60.5  8e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  3.2367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1141  ribosomal protein L30  51.72 
 
 
67 aa  60.1  9e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.529136  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38401e-09  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>