More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04040 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  100 
 
 		 286 aa  578  1e-164  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  88.49 
 
 		 275 aa  458  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1129  ribosomal protein S3  76.28 
 
 		 279 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  79.84 
 
 		 287 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  79.84 
 
 		 287 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  79.84 
 
 		 287 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  79.15 
 
 		 278 aa  408  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  80.78 
 
 		 274 aa  409  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4501  ribosomal protein S3  75.93 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  79.77 
 
 		 268 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  77.82 
 
 		 280 aa  402  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3752  ribosomal protein S3  81.85 
 
 		 272 aa  398  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.40456  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3917  ribosomal protein S3  69.37 
 
 		 288 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4309  ribosomal protein S3  74.1 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395435  hitchhiker  0.00385634 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  69.72 
 
 		 315 aa  375  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  85.92 
 
 		 270 aa  371  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  75.4 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3899  30S ribosomal protein S3  86.12 
 
 		 278 aa  371  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4315  ribosomal protein S3  87.38 
 
 		 272 aa  374  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  84.54 
 
 		 278 aa  369  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0937  30S ribosomal protein S3  81.08 
 
 		 292 aa  370  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0855011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  69.45 
 
 		 282 aa  369  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  83.98 
 
 		 268 aa  368  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  84.95 
 
 		 288 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  72.47 
 
 		 341 aa  366  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  74.06 
 
 		 276 aa  359  4e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29680  SSU ribosomal protein S3P  75.42 
 
 		 276 aa  358  5e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.778759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  77.49 
 
 		 258 aa  357  9.999999999999999e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20810  SSU ribosomal protein S3P  81.6 
 
 		 276 aa  355  3.9999999999999996e-97  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  72.43 
 
 		 277 aa  354  7.999999999999999e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  80.19 
 
 		 272 aa  353  2e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1191  30S ribosomal protein S3  70.12 
 
 		 265 aa  350  2e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2653  ribosomal protein S3  79.72 
 
 		 276 aa  347  2e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0633  ribosomal protein S3  74.15 
 
 		 279 aa  347  2e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0593  ribosomal protein S3  71.77 
 
 		 271 aa  346  3e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.122908  normal  0.632593 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23750  SSU ribosomal protein S3P  77.83 
 
 		 280 aa  340  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.167158  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0260  ribosomal protein S3  72.17 
 
 		 272 aa  315  7e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1713  30S ribosomal protein S3  72.17 
 
 		 267 aa  315  7e-85  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.295513  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  59.07 
 
 		 219 aa  278  7e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  60 
 
 		 237 aa  276  2e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  60.77 
 
 		 221 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  59.53 
 
 		 244 aa  270  2.9999999999999997e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000415625  hitchhiker  0.000000143523 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  58.02 
 
 		 211 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3018  ribosomal protein S3  51.45 
 
 		 241 aa  265  4e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0195481  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  54.39 
 
 		 224 aa  265  5e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  54.39 
 
 		 224 aa  265  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  57.87 
 
 		 218 aa  265  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  57.62 
 
 		 210 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 395 aa  265  7e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  55.77 
 
 		 210 aa  265  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0404  ribosomal protein S3  62.2 
 
 		 288 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.82 
 
 		 243 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  55.4 
 
 		 222 aa  264  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 214 aa  264  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.82 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  53.95 
 
 		 224 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 220 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  56.6 
 
 		 211 aa  263  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 		 219 aa  263  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4921  ribosomal protein S3  55.31 
 
 		 230 aa  263  4e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0969238  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  59.81 
 
 		 220 aa  262  4.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 211 aa  262  6e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 262 aa  262  6e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 211 aa  261  6.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 210 aa  261  8e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  52.97 
 
 		 226 aa  261  8.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 218 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  55.24 
 
 		 210 aa  261  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  54.51 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 218 aa  260  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  51.26 
 
 		 260 aa  258  6e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 237 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  52.92 
 
 		 236 aa  257  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  52.92 
 
 		 236 aa  257  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  55.77 
 
 		 224 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 216 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09940  SSU ribosomal protein S3P  56.13 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.257564  hitchhiker  0.00000258289 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  53.68 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.52 
 
 		 222 aa  256  2e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  52.92 
 
 		 236 aa  256  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  56.73 
 
 		 221 aa  256  3e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  53.25 
 
 		 232 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  54.15 
 
 		 229 aa  255  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  54.81 
 
 		 210 aa  255  5e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  52.14 
 
 		 275 aa  255  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  54.15 
 
 		 229 aa  255  6e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 232 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 219 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  54.11 
 
 		 231 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  53.85 
 
 		 241 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  52.81 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 217 aa  253  2.0000000000000002e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  54.15 
 
 		 229 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  57 
 
 		 228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1155  ribosomal protein S3  59.15 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000113812  hitchhiker  0.0000354115 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  53.85 
 
 		 223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  51.28 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  56.25 
 
 		 222 aa  253  2.0000000000000002e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  51.28 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>