90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_03520 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  95.83 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0047  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.921613  normal  0.522755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0010  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159974  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0010  tRNA-Met  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0053  tRNA-Met  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.796609 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0016  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0051  tRNA-Met  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0068  tRNA-Met  93.44 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0052  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.959791  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0013  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0070  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.213378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0017  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000360028  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0001  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0748  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0032  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>