35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_03070 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_03070  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 95 aa  189  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  48.28 
 
 		 382 aa  54.3  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  46.43 
 
 		 414 aa  51.2  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 212 aa  45.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  31.75 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 414 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 145 aa  43.5  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5593  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  33.75 
 
 		 156 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  45.24 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4661  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  41.07 
 
 		 216 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  30.91 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 397 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 397 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  32.2 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.11 
 
 		 305 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  48.65 
 
 		 208 aa  40.8  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 161 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 176 aa  40.4  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 161 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 161 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 178 aa  40.4  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 191 aa  40.4  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  43.1 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 277 aa  40  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 128 aa  40  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 205 aa  40  0.01  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>