More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_02170 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_02170  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  259  6.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 155 aa  122  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0080  transcriptional regulator, MerR family  57.48 
 
 		 137 aa  121  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.671013 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  59.32 
 
 		 136 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3486  transcriptional regulator, MerR family  57.81 
 
 		 135 aa  116  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1645  regulatory protein, MerR  53.91 
 
 		 154 aa  110  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0841182  normal  0.942746 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  52 
 
 		 131 aa  108  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 125 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 125 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 125 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4307  transcriptional regulator, MerR family  48.85 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00729055  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0525  putative transcriptional regulator, MerR family  53.28 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0178502 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  50.41 
 
 		 134 aa  103  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0073  transcriptional regulator, MerR family  50.81 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1160  MerR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 165 aa  98.2  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4917  MerR family transcriptional regulator  62.32 
 
 		 186 aa  93.6  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3925  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 147 aa  90.1  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.847498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2780  MerR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.891963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3239  transcriptional regulator, MerR family  55.07 
 
 		 156 aa  88.2  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000227315  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  39.66 
 
 		 147 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 159 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.84 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  40.54 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  40.43 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  40.21 
 
 		 128 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2779  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.573882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.18 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5055  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 251 aa  75.1  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561645  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5434  MerR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 251 aa  75.1  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.736735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5143  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 251 aa  75.1  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4918  MerR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 152 aa  74.7  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1351  transcriptional regulator MerR family CueR domain protein  43.04 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 151 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  45.88 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 137 aa  73.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2202  MerR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 158 aa  73.9  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1256  transcriptional regulator, MerR family  52.17 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.38 
 
 		 147 aa  73.6  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  39.8 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.71 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  47.06 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  41.33 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  40.66 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  43.04 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 151 aa  73.6  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.33 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.33 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  35.65 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  41 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.33 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 167 aa  72  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.33 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 163 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  39.36 
 
 		 142 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.68 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.42 
 
 		 149 aa  72  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  44.71 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  36.44 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1555  MerR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.949248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  45.33 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  37 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  37.5 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK3016  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 252 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  43.28 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
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NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
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NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.14 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
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NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  34 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 154 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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