More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00590 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 592 aa  1169    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  64.42 
 
 		 610 aa  704    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  57.37 
 
 		 581 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  57.14 
 
 		 583 aa  631  1e-179  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  59.27 
 
 		 581 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  61.47 
 
 		 582 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  61.47 
 
 		 582 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  59.33 
 
 		 573 aa  629  1e-179  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  59.45 
 
 		 582 aa  631  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  62.33 
 
 		 611 aa  625  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  62.3 
 
 		 582 aa  627  1e-178  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  61.92 
 
 		 573 aa  623  1e-177  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  57.5 
 
 		 582 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  58.77 
 
 		 585 aa  612  9.999999999999999e-175  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  57.9 
 
 		 580 aa  608  1e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  52.8 
 
 		 629 aa  587  1e-166  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  56.04 
 
 		 602 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  54.68 
 
 		 694 aa  576  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  58.55 
 
 		 602 aa  542  1e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  58.84 
 
 		 586 aa  526  1e-148  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  50.56 
 
 		 531 aa  479  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  50.72 
 
 		 574 aa  473  1e-132  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  56.49 
 
 		 525 aa  472  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  48 
 
 		 577 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  43.18 
 
 		 663 aa  466  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 		 600 aa  461  9.999999999999999e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  50.39 
 
 		 531 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  44.06 
 
 		 678 aa  444  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  42.33 
 
 		 671 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  45.69 
 
 		 664 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  47.21 
 
 		 662 aa  415  1e-114  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  44.71 
 
 		 651 aa  411  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.74 
 
 		 573 aa  401  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  43.58 
 
 		 639 aa  400  9.999999999999999e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.32 
 
 		 503 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  44.18 
 
 		 498 aa  395  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.53 
 
 		 523 aa  393  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.25 
 
 		 506 aa  392  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  40.76 
 
 		 546 aa  390  1e-107  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  38.83 
 
 		 532 aa  391  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  41.83 
 
 		 494 aa  388  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  41.04 
 
 		 580 aa  387  1e-106  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  41.13 
 
 		 490 aa  385  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  43.72 
 
 		 606 aa  384  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  38.31 
 
 		 516 aa  381  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  40.6 
 
 		 505 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  40.6 
 
 		 505 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  38.57 
 
 		 548 aa  382  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  40.6 
 
 		 505 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  38.57 
 
 		 548 aa  382  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.74 
 
 		 516 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  37.93 
 
 		 516 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  38.12 
 
 		 516 aa  378  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  38.12 
 
 		 516 aa  378  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  42.01 
 
 		 508 aa  376  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  37.93 
 
 		 516 aa  379  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  37.93 
 
 		 516 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  40.8 
 
 		 505 aa  376  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  40.6 
 
 		 504 aa  378  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  40.4 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  40.2 
 
 		 504 aa  377  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  37.81 
 
 		 516 aa  376  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  40.2 
 
 		 504 aa  379  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  38.12 
 
 		 516 aa  378  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  37.36 
 
 		 516 aa  373  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 		 497 aa  374  1e-102  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  37.64 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  45.04 
 
 		 593 aa  366  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  39.32 
 
 		 520 aa  364  3e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  39.32 
 
 		 520 aa  364  3e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  42.71 
 
 		 659 aa  363  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  42.71 
 
 		 659 aa  362  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  39.43 
 
 		 603 aa  360  5e-98  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 637 aa  357  2.9999999999999997e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  40.67 
 
 		 558 aa  354  2.9999999999999997e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  35.99 
 
 		 530 aa  353  5.9999999999999994e-96  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  38.94 
 
 		 698 aa  352  8e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  39.22 
 
 		 545 aa  351  2e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06510  choline/carnitine/betaine transport  40.46 
 
 		 642 aa  352  2e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  38.93 
 
 		 540 aa  349  7e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  39.86 
 
 		 534 aa  348  1e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  42.53 
 
 		 606 aa  348  1e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4319  choline/carnitine/betaine transporter  37.29 
 
 		 534 aa  348  2e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  37.03 
 
 		 583 aa  347  3e-94  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  39.09 
 
 		 514 aa  347  4e-94  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  42.41 
 
 		 533 aa  347  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30890  choline/carnitine/betaine transport  39.96 
 
 		 572 aa  342  1e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  36.88 
 
 		 567 aa  341  2e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  40.6 
 
 		 676 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.35 
 
 		 657 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  38.11 
 
 		 619 aa  339  8e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  38.24 
 
 		 526 aa  337  3.9999999999999995e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  39.8 
 
 		 526 aa  337  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.35 
 
 		 676 aa  336  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  38.43 
 
 		 637 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 		 691 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  41.77 
 
 		 676 aa  335  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>