More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00270 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  100 
 
 		 336 aa  674    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  50.88 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  46.39 
 
 		 292 aa  220  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  45.05 
 
 		 303 aa  216  5.9999999999999996e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  39.45 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  40.07 
 
 		 289 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  41.79 
 
 		 286 aa  192  7e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  40.07 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  40.07 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  37.8 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  41.53 
 
 		 279 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  40.91 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  39.39 
 
 		 284 aa  185  8e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  37.07 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  40.13 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  41.06 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  38.27 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  36.17 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  39.15 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  36.59 
 
 		 356 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  40.45 
 
 		 282 aa  152  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  34.62 
 
 		 359 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  36.23 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  33.58 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  37.01 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  38.04 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  37.59 
 
 		 293 aa  146  6e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  36.33 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  31.82 
 
 		 381 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  36.91 
 
 		 274 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  32.78 
 
 		 292 aa  144  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  44.23 
 
 		 240 aa  139  8.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  37.22 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  39.47 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  34.98 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  32.92 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  38.36 
 
 		 238 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  37.8 
 
 		 386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  41.28 
 
 		 327 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  35.27 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  35.03 
 
 		 225 aa  99.8  5e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 486 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 286 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.47 
 
 		 371 aa  93.6  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  32.18 
 
 		 358 aa  93.2  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.58 
 
 		 389 aa  92.8  7e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  31.13 
 
 		 519 aa  92  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.1 
 
 		 356 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  40.15 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.22 
 
 		 267 aa  91.3  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  39.42 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  38.62 
 
 		 198 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  38.1 
 
 		 198 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 396 aa  89  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  35.23 
 
 		 569 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  34.51 
 
 		 487 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  34.51 
 
 		 487 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  36.47 
 
 		 579 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  30.98 
 
 		 228 aa  87.8  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  33.71 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  38.1 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.3 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 511 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  34.09 
 
 		 523 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  33.13 
 
 		 515 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  31.68 
 
 		 554 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5574  Rhomboid family protein  40.23 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  50.57 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  32.57 
 
 		 376 aa  79.3  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  37.28 
 
 		 513 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  33.33 
 
 		 224 aa  79  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  29.55 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.07 
 
 		 541 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  36.64 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  36.64 
 
 		 190 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  31.93 
 
 		 263 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  39.44 
 
 		 238 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  35.88 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  35.88 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 541 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  31.76 
 
 		 547 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  31.08 
 
 		 556 aa  73.2  0.000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10929  rhomboid family membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_2G16490)  32.61 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  36.69 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  36.75 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  32.64 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  39.39 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  36.57 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  32.82 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  43.18 
 
 		 489 aa  70.1  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  35.33 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  32.12 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.08 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  39.85 
 
 		 268 aa  69.3  0.00000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  39.71 
 
 		 155 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.06 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>