152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00090 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00090  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609024  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0001  tRNA-Ile  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0001  tRNA-Ile  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00090  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0001  tRNA-Ile  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.48782 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  98.36 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  98.36 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0001  tRNA-Ile  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0001  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0001  tRNA-Ile  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000056497 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00080  tRNA-Ile  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0001  tRNA-Ile  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt016  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0660  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.834568  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0095  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0077  tRNA-Ile  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4375  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.120949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5291  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000449228  normal  0.256663 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4600  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000666504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0213  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000151155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>