235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0026 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  5.95128e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2225  tRNA-Met  89.61 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.357259  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2248  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0136  tRNA-Met  91.04 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1560  tRNA-Met  92.06 
 
 
79 bp  85.7  1e-15  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.443408  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1767  tRNA-Met  91.94 
 
 
77 bp  83.8  5e-15  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  4.81165e-06 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  89.66 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  88.52 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  88.89 
 
 
78 bp  60  8e-08  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  88.89 
 
 
78 bp  60  8e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  87.93 
 
 
77 bp  60  8e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  3e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  3.1299e-05  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  90.91 
 
 
74 bp  56  1e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  5e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  86.44 
 
 
80 bp  54  5e-06  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  86.44 
 
 
77 bp  54  5e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    86.44 
 
 
77 bp  54  5e-06  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  5e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  86.21 
 
 
74 bp  52  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  2e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  85.25 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  85.96 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0027  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0579561  normal  0.867818 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0005  tRNA-Ile  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125114  hitchhiker  2.68461e-06 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  85.96 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  96.43 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  1.6198e-06 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  1.55812e-11  hitchhiker  6.4789e-09 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  88.64 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  2.27262e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  84.75 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  84.75 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  86.44 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  84.13 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  84.75 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  84.13 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0022  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.766553  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0034  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  4.41273e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  8.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0041  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  2.51829e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.03927e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0068  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.186639  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0052  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.058148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.87028e-05 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>