More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_2094 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
304 aa  623  1e-177  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  45.54 
 
 
302 aa  256  3e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  42.57 
 
 
305 aa  241  7.999999999999999e-63  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  42.47 
 
 
307 aa  236  3e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  42.31 
 
 
300 aa  226  4e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  39.8 
 
 
304 aa  225  7e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  38.67 
 
 
300 aa  219  6e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  39 
 
 
300 aa  217  2e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  38.67 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1818  RNA pseudouridine synthase  38.18 
 
 
319 aa  202  5e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  34.15 
 
 
402 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
402 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.15 
 
 
402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.05 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  32.71 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.17 
 
 
438 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  33.74 
 
 
360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 
431 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  32.1 
 
 
407 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  32.93 
 
 
405 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 
403 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
400 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.24 
 
 
319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.68 
 
 
541 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 
310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.47 
 
 
395 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.02 
 
 
303 aa  126  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.47 
 
 
395 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
389 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
389 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
395 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
389 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.97 
 
 
311 aa  125  7e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 
389 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
311 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  33.68 
 
 
329 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.33 
 
 
318 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 
325 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  30.96 
 
 
436 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.64 
 
 
304 aa  122  6e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 
399 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.47 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.59 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 
344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.91 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.76 
 
 
318 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  32.07 
 
 
578 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.34 
 
 
298 aa  120  3e-26  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  35.68 
 
 
258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  35.63 
 
 
311 aa  119  7e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  32.35 
 
 
305 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 
323 aa  119  9e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 
327 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.19 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.69 
 
 
331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  32.38 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.4 
 
 
403 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.04 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  29.94 
 
 
302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  30.37 
 
 
293 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.19 
 
 
302 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.81 
 
 
299 aa  116  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  33.18 
 
 
376 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 
302 aa  116  6e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 
303 aa  115  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32 
 
 
306 aa  116  6e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  31.15 
 
 
358 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.63 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
558 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
303 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.77 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  32.77 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.77 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  32.67 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  32.22 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  30.38 
 
 
370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  32.38 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  32.94 
 
 
520 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  31.73 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  32.23 
 
 
323 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  30.38 
 
 
370 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 
364 aa  114  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.47 
 
 
325 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  30.48 
 
 
362 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  34.45 
 
 
315 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.9 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  29.08 
 
 
345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 
356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.2 
 
 
356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  27.81 
 
 
377 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 
347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 
304 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  30.34 
 
 
332 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>