More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1790 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  100 
 
 
247 aa  507  1e-143  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.73 
 
 
246 aa  254  8e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  40.42 
 
 
234 aa  184  8e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.67 
 
 
292 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.3 
 
 
240 aa  108  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  32.08 
 
 
222 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.28 
 
 
240 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  29.67 
 
 
223 aa  94.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.6 
 
 
237 aa  86.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  26.86 
 
 
232 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  26.86 
 
 
232 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  27.24 
 
 
220 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  27.24 
 
 
220 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.24 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  27.24 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  27.24 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  26.86 
 
 
232 aa  85.5  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  26.86 
 
 
232 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  26.86 
 
 
232 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  26.83 
 
 
220 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  26.83 
 
 
220 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  26.83 
 
 
220 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  27.05 
 
 
220 aa  82.4  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  28.69 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.69 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 
232 aa  77.8  0.0000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  26.23 
 
 
220 aa  72.4  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.79 
 
 
722 aa  69.7  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.62 
 
 
731 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  32.97 
 
 
970 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.48 
 
 
909 aa  66.6  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
769 aa  66.6  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  32.42 
 
 
1433 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  32.42 
 
 
1433 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  32.42 
 
 
1433 aa  64.7  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  32.42 
 
 
1433 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.46 
 
 
168 aa  63.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  35.82 
 
 
233 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  35.82 
 
 
233 aa  63.5  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.11 
 
 
242 aa  62.8  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
721 aa  62.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.78 
 
 
237 aa  62  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.87 
 
 
218 aa  62  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  25.71 
 
 
242 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
944 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
695 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.9 
 
 
231 aa  60.5  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.38 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.35 
 
 
267 aa  59.7  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.03 
 
 
235 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
252 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25 
 
 
257 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  36.64 
 
 
242 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.3 
 
 
232 aa  58.9  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  36.3 
 
 
236 aa  58.9  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  28.25 
 
 
695 aa  58.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
241 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.76 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  36.09 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 
232 aa  58.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
695 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  37.31 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  33.57 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  38.06 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  37.4 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 
706 aa  58.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25.9 
 
 
250 aa  57.4  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  32.24 
 
 
1444 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  38.81 
 
 
249 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
237 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.64 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.81 
 
 
228 aa  56.6  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 
485 aa  56.2  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
231 aa  56.2  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.04 
 
 
231 aa  56.2  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
234 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  35.11 
 
 
244 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  31.15 
 
 
1435 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.42 
 
 
934 aa  55.5  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>