More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1082 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
379 aa  769    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  41.86 
 
 
415 aa  286  5.999999999999999e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  42.23 
 
 
383 aa  283  5.000000000000001e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  42.86 
 
 
403 aa  277  3e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  44.01 
 
 
372 aa  270  2e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  43.71 
 
 
372 aa  269  7e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  39.45 
 
 
403 aa  267  2.9999999999999995e-70  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.41 
 
 
372 aa  265  8.999999999999999e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  40.28 
 
 
404 aa  261  2e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  33.44 
 
 
507 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  30.96 
 
 
506 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.84 
 
 
620 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  31.75 
 
 
499 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  31.68 
 
 
448 aa  161  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  31.78 
 
 
733 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  30.72 
 
 
544 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.98 
 
 
544 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0300  regulatory protein dnir  34.41 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.89505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  31.95 
 
 
498 aa  156  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  31.4 
 
 
572 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  31.06 
 
 
484 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  32.63 
 
 
487 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.03 
 
 
499 aa  150  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  32.65 
 
 
573 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  32.31 
 
 
573 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  33.58 
 
 
458 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  29.3 
 
 
693 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  32.08 
 
 
547 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.39 
 
 
617 aa  144  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  31.53 
 
 
587 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
638 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  31.12 
 
 
543 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  28.48 
 
 
618 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  35.38 
 
 
442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  35.84 
 
 
281 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.93 
 
 
451 aa  134  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  35.02 
 
 
523 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  31.85 
 
 
548 aa  133  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  34.09 
 
 
447 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.25 
 
 
612 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 
612 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  32.75 
 
 
498 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  30.03 
 
 
405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.1 
 
 
554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  30.18 
 
 
495 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  30.11 
 
 
527 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  30.51 
 
 
501 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  29.48 
 
 
440 aa  130  5.0000000000000004e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  27.25 
 
 
550 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  34.88 
 
 
304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.31 
 
 
552 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  28.1 
 
 
610 aa  126  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  32.36 
 
 
485 aa  125  9e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  33.45 
 
 
479 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  32.62 
 
 
479 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.18 
 
 
534 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  30.95 
 
 
442 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  30.61 
 
 
442 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  26.82 
 
 
516 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  29.35 
 
 
518 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  27.09 
 
 
516 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 
539 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  28.71 
 
 
650 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  28.17 
 
 
451 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  29.51 
 
 
525 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  28.91 
 
 
451 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  30.54 
 
 
498 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  29.51 
 
 
525 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  29.51 
 
 
525 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.58 
 
 
532 aa  122  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.92 
 
 
515 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.67 
 
 
531 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  27.89 
 
 
580 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  26.89 
 
 
595 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.67 
 
 
530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  29.67 
 
 
552 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.67 
 
 
530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.67 
 
 
530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.67 
 
 
530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.67 
 
 
553 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.67 
 
 
530 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  30.63 
 
 
534 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.84 
 
 
530 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
512 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  29.19 
 
 
557 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  27.86 
 
 
522 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  29.51 
 
 
524 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  28.71 
 
 
570 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.77 
 
 
426 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  29.17 
 
 
529 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  31.72 
 
 
322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.73 
 
 
527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 
553 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  28.82 
 
 
528 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.31 
 
 
556 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.33 
 
 
528 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  28.57 
 
 
473 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  28.82 
 
 
529 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  29.15 
 
 
476 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.61 
 
 
499 aa  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>