More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1036 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  100 
 
 
427 aa  859    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
768 aa  203  6e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37 
 
 
634 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
611 aa  172  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 
424 aa  169  7e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
791 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.7 
 
 
849 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  34.41 
 
 
791 aa  157  3e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.6 
 
 
772 aa  153  5e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.79 
 
 
425 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.38 
 
 
418 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.84 
 
 
419 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  30.83 
 
 
420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 
610 aa  147  5e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.14 
 
 
562 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  47.85 
 
 
714 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
369 aa  146  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
387 aa  146  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.4 
 
 
476 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.79 
 
 
562 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
539 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  46.88 
 
 
443 aa  145  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  31.01 
 
 
546 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
620 aa  144  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
482 aa  144  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 
410 aa  143  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  31.79 
 
 
562 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.07 
 
 
430 aa  143  6e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.07 
 
 
430 aa  143  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.07 
 
 
430 aa  143  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  39.07 
 
 
430 aa  143  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.641954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  39.53 
 
 
410 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  39.53 
 
 
410 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
380 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
482 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  41.56 
 
 
489 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  30.5 
 
 
323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  49.04 
 
 
1339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.4 
 
 
722 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.48 
 
 
484 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 
768 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
507 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
1078 aa  141  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
507 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 
571 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  30.6 
 
 
568 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  30 
 
 
796 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  43.4 
 
 
736 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  30.97 
 
 
951 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  45.34 
 
 
351 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
483 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.8 
 
 
921 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
556 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
544 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  30.6 
 
 
567 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
488 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.51 
 
 
668 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.77 
 
 
308 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0306  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.58 
 
 
643 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.67 
 
 
430 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 
901 aa  137  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 
769 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  30.25 
 
 
567 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
564 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 
921 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 
921 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0019  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
835 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  30.25 
 
 
567 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.95 
 
 
921 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227976  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.51 
 
 
570 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.74 
 
 
410 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.19 
 
 
324 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  41.83 
 
 
160 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  30.25 
 
 
567 aa  137  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  30.25 
 
 
567 aa  137  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1083  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 
812 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218978 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.67 
 
 
659 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  30.25 
 
 
567 aa  137  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3794  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.86 
 
 
915 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
456 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.21 
 
 
1215 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.21 
 
 
1215 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.14 
 
 
753 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.51 
 
 
671 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.07 
 
 
323 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1569  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.58 
 
 
839 aa  136  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1217  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.07 
 
 
796 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  41.15 
 
 
355 aa  136  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.6 
 
 
567 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.12 
 
 
550 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.21 
 
 
1466 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 
878 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 
1012 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.99 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
508 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.87 
 
 
860 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.92 
 
 
794 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  32.58 
 
 
498 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 
878 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>