74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0584 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  100 
 
 
272 aa  553  1e-156  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  46.49 
 
 
275 aa  259  2e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  48.82 
 
 
302 aa  247  2e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  47.35 
 
 
272 aa  237  2e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.8 
 
 
282 aa  236  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  44.24 
 
 
269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  42.81 
 
 
281 aa  232  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  44.72 
 
 
266 aa  231  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  42.28 
 
 
271 aa  231  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  41.67 
 
 
282 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  43.7 
 
 
281 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  43.53 
 
 
292 aa  225  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.58 
 
 
317 aa  222  4e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  42.32 
 
 
279 aa  221  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  38.57 
 
 
282 aa  218  6e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  41.82 
 
 
275 aa  218  7e-56  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.64 
 
 
282 aa  218  7e-56  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  39.29 
 
 
282 aa  217  1e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  44.26 
 
 
309 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  42.5 
 
 
312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  42.26 
 
 
279 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  42.15 
 
 
309 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  42.15 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  42.15 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  40.22 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  39.85 
 
 
302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  42.08 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  41.49 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  43.75 
 
 
284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  42.51 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  42.08 
 
 
315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  42.5 
 
 
291 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  43.57 
 
 
290 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  40.73 
 
 
279 aa  211  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  43.43 
 
 
288 aa  209  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  41.74 
 
 
303 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  38.52 
 
 
311 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  39.69 
 
 
306 aa  202  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  41.84 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  42.62 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  42.32 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  39.75 
 
 
282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  37.89 
 
 
298 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  39.24 
 
 
337 aa  192  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  38.55 
 
 
306 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  36.33 
 
 
295 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  39.5 
 
 
375 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  39.5 
 
 
326 aa  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  28.47 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.88 
 
 
847 aa  50.4  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 
437 aa  49.3  0.00006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  24.47 
 
 
432 aa  47.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  37.35 
 
 
437 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 
437 aa  46.6  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  34.94 
 
 
412 aa  45.8  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  23.65 
 
 
847 aa  45.4  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.29 
 
 
588 aa  45.4  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  26.03 
 
 
864 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  27.64 
 
 
845 aa  44.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.34 
 
 
509 aa  44.3  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 
583 aa  43.5  0.004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  22.37 
 
 
911 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  22.46 
 
 
845 aa  43.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.34 
 
 
556 aa  43.1  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.04 
 
 
552 aa  43.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  28.18 
 
 
831 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  27.27 
 
 
321 aa  43.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  30.09 
 
 
584 aa  42.7  0.007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  28.68 
 
 
584 aa  42.4  0.007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 
507 aa  42.4  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.84 
 
 
576 aa  42.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  24.17 
 
 
825 aa  42  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  28.69 
 
 
603 aa  42  0.01  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  28.71 
 
 
861 aa  42  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>