More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0258 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0258  two component transcriptional regulator  100 
 
 
217 aa  435  1e-121  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0200742  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0257  response regulator receiver  42.01 
 
 
219 aa  171  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1773  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1280  DNA-binding response regulator  41.01 
 
 
220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000547046  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0272  response regulator receiver  41.36 
 
 
223 aa  151  8e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1806  two-component response regulator  37.16 
 
 
220 aa  143  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0386  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 
222 aa  141  7e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1458  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 
218 aa  141  9e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1579  response regulator receiver  35.78 
 
 
225 aa  136  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.410227  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1324  extracellular solute-binding protein  34.56 
 
 
220 aa  135  3.0000000000000003e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.273971  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1917  DNA-binding response regulator  33.94 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0840  transcriptional activator protein CopR  34.56 
 
 
222 aa  131  6.999999999999999e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.048163  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0097  response regulator receiver  37.96 
 
 
222 aa  131  6.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  34.55 
 
 
223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1272  response regulator receiver  37.67 
 
 
216 aa  128  6e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1103  two-component response regulator  37.67 
 
 
221 aa  128  7.000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0120  response regulator receiver  33.94 
 
 
221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0884  two component transcriptional regulator  33.02 
 
 
218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.68851  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0128  two-component response regulator  38.36 
 
 
228 aa  126  3e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.4797  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1358  DNA-binding response regulator  39.6 
 
 
221 aa  125  5e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0519481  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1236  DNA-binding response regulator  39.6 
 
 
221 aa  125  5e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000188808  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.86 
 
 
227 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 
223 aa  122  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  34.4 
 
 
235 aa  122  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0140  two component transcriptional regulator  33.64 
 
 
229 aa  122  4e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.794843  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0504  DNA-binding response regulator  39.3 
 
 
221 aa  122  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000376141  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1180  response regulator receiver  35.51 
 
 
214 aa  121  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  34.09 
 
 
223 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.18 
 
 
231 aa  121  9e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  32.27 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  31.82 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  33.64 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 
220 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
223 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  33.64 
 
 
223 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.38 
 
 
235 aa  118  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.38 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.34 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  32.73 
 
 
223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.53 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.53 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.53 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0625  two component transcriptional regulator  36.92 
 
 
217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.53 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.53 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  30.88 
 
 
219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  30.88 
 
 
219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  29.68 
 
 
222 aa  115  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2004  response regulator receiver  34.88 
 
 
215 aa  115  6e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.230205  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  30.88 
 
 
219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  30.88 
 
 
219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  30.88 
 
 
219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 
223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  30.88 
 
 
219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1490  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 
225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  32.11 
 
 
221 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  32.11 
 
 
221 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3084  transcriptional regulator TctD  33.48 
 
 
224 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  32.09 
 
 
219 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2897  DNA-binding response regulator TctD  33.48 
 
 
224 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1726  two component signal transduction response regulator  31.98 
 
 
227 aa  114  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000605334  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2928  transcriptional regulatory protein TctD  33.48 
 
 
224 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.501058  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2981  transcriptional regulator TctD  33.48 
 
 
224 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.510212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2964  transcriptional regulator TctD  33.48 
 
 
224 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000947102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  32.27 
 
 
221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.27 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  32.56 
 
 
227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.03 
 
 
225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1365  two component transcriptional regulator  32.87 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00130586  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  30.88 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  30.59 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 
221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  31.05 
 
 
227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  29.3 
 
 
225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3110  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 
224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.178244 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.59 
 
 
220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0286  two component transcriptional regulator  28.9 
 
 
227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  30.59 
 
 
227 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  29.95 
 
 
222 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  29.86 
 
 
223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  33.17 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  33.17 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  29.86 
 
 
232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1477  response regulator receiver  30.43 
 
 
222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.932866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.51 
 
 
219 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  31.51 
 
 
218 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 
229 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 
229 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
225 aa  111  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3340  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 
224 aa  111  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0836001  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  29.77 
 
 
220 aa  111  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 
227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3144  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.13 
 
 
226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.549897  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  32.73 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  31.51 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  31.65 
 
 
219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>