More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0212 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 
312 aa  626  1e-178  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  51.97 
 
 
261 aa  270  2e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  51.2 
 
 
254 aa  266  3e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  52.02 
 
 
257 aa  261  1e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  50.6 
 
 
257 aa  259  3e-68  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  50.4 
 
 
253 aa  254  1e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  49.4 
 
 
253 aa  253  2e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  5.22631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  49.4 
 
 
253 aa  253  3e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  48.19 
 
 
253 aa  249  4e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  4.47983e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  47.79 
 
 
253 aa  248  9e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  35.04 
 
 
736 aa  148  1e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  34.62 
 
 
795 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35 
 
 
332 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  34.51 
 
 
784 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  34.62 
 
 
690 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  32.91 
 
 
687 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  33.76 
 
 
680 aa  140  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  36 
 
 
286 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  33.6 
 
 
251 aa  139  5e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
237 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.0493e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  32.65 
 
 
273 aa  137  3e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  34.65 
 
 
250 aa  137  3e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 
620 aa  137  3e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  33.73 
 
 
238 aa  134  1e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  32.53 
 
 
309 aa  134  2e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.33 
 
 
290 aa  134  2e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.62 
 
 
247 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  34.55 
 
 
289 aa  132  7e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  35.25 
 
 
243 aa  132  7e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  32.82 
 
 
271 aa  130  2e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.2 
 
 
286 aa  131  2e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  32.42 
 
 
274 aa  130  2e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.05 
 
 
609 aa  130  2e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  32.68 
 
 
285 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.19 
 
 
292 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  32.48 
 
 
743 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  35.19 
 
 
292 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  33.6 
 
 
248 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  32.05 
 
 
576 aa  129  5e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  30.2 
 
 
274 aa  129  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  33.6 
 
 
248 aa  129  7e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.26 
 
 
240 aa  129  8e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  30 
 
 
327 aa  128  1e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.35 
 
 
598 aa  127  2e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  30.77 
 
 
466 aa  127  2e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  28.92 
 
 
601 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.35 
 
 
598 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  34.66 
 
 
555 aa  126  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  31.2 
 
 
577 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.06 
 
 
576 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  33.6 
 
 
268 aa  124  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  30 
 
 
553 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.75 
 
 
255 aa  124  2e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.62 
 
 
669 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.41 
 
 
354 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  32.49 
 
 
499 aa  124  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  30.13 
 
 
680 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.68 
 
 
355 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  31.47 
 
 
238 aa  123  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  31.17 
 
 
251 aa  123  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.68 
 
 
355 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  31.62 
 
 
674 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.52 
 
 
457 aa  123  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.86 
 
 
243 aa  122  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  29.64 
 
 
290 aa  122  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.78 
 
 
296 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  32.49 
 
 
422 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  33.2 
 
 
252 aa  122  8e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  32.14 
 
 
255 aa  122  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.51 
 
 
300 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  34.29 
 
 
278 aa  122  9e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  35.5 
 
 
417 aa  122  1e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  30.8 
 
 
265 aa  121  1e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  34.96 
 
 
241 aa  121  1e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  32.35 
 
 
572 aa  120  2e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  32.81 
 
 
386 aa  121  2e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  33.99 
 
 
516 aa  121  2e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.71 
 
 
247 aa  120  2e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  33.05 
 
 
638 aa  120  2e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  29.69 
 
 
689 aa  121  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.85 
 
 
290 aa  120  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.34 
 
 
572 aa  121  2e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  31.01 
 
 
298 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  30.93 
 
 
340 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.26 
 
 
239 aa  120  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  35.06 
 
 
587 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.31 
 
 
289 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.34 
 
 
586 aa  120  4e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  32.34 
 
 
586 aa  120  4e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  32.34 
 
 
586 aa  120  4e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  32.8 
 
 
247 aa  119  5e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  29.69 
 
 
698 aa  119  5e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  34.1 
 
 
310 aa  119  5e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.99 
 
 
268 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  32.16 
 
 
626 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  30.99 
 
 
554 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
385 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.89 
 
 
408 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  31.5 
 
 
409 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  31.77 
 
 
379 aa  119  8e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>