More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0090 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  100 
 
 
903 aa  1821  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  39.05 
 
 
907 aa  577  1e-163  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  34.57 
 
 
933 aa  470  1e-131  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  33.68 
 
 
939 aa  442  1e-122  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  34.88 
 
 
921 aa  426  1e-118  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  33.09 
 
 
915 aa  396  1e-109  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  32.44 
 
 
923 aa  384  1e-105  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  34.3 
 
 
921 aa  323  6e-87  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  34.15 
 
 
921 aa  323  7e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  34.15 
 
 
921 aa  323  1e-86  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  26.85 
 
 
1124 aa  134  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 
995 aa  134  1e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.58 
 
 
1125 aa  128  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.78 
 
 
1183 aa  110  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.77 
 
 
1067 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.68 
 
 
1139 aa  108  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0495  UvrD/REP helicase  26.45 
 
 
981 aa  107  9e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  23.92 
 
 
1052 aa  107  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  26.51 
 
 
1089 aa  107  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  24.88 
 
 
1112 aa  107  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27 
 
 
860 aa  106  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 
1162 aa  105  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 
1140 aa  104  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
854 aa  103  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  26.61 
 
 
1120 aa  102  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  33.18 
 
 
1147 aa  101  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 
1240 aa  97.4  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  31.13 
 
 
1102 aa  96.7  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  24.02 
 
 
1054 aa  96.3  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 
1060 aa  95.1  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 
1152 aa  95.1  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  24.36 
 
 
1047 aa  94.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  27.18 
 
 
1155 aa  94.4  8e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  25.78 
 
 
1036 aa  94  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.03 
 
 
1259 aa  87.8  8e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1975  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 
1132 aa  87.8  9e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.109081  normal  0.151355 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1561  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 
1054 aa  87  1e-15  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  22.68 
 
 
1107 aa  87.4  1e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.86 
 
 
1244 aa  85.5  4e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 
1161 aa  85.5  4e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 
1110 aa  85.5  4e-15  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.45 
 
 
1224 aa  85.1  5e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.18 
 
 
1223 aa  85.1  5e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  24.55 
 
 
1076 aa  85.1  5e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  26.23 
 
 
643 aa  84.7  7e-15  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  27.08 
 
 
1130 aa  84.3  1e-14  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  31.01 
 
 
1110 aa  83.6  1e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.28 
 
 
1224 aa  83.6  1e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.98 
 
 
1241 aa  83.2  2e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 
1196 aa  82.4  3e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  31.01 
 
 
1110 aa  82.4  3e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  41.35 
 
 
1109 aa  82  4e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  38.58 
 
 
1173 aa  82  5e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  25.6 
 
 
1124 aa  82  5e-14  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  32.53 
 
 
913 aa  81.3  7e-14  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 
1173 aa  81.3  8e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  25.38 
 
 
1076 aa  80.5  1e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 
625 aa  80.5  1e-13  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.56 
 
 
1186 aa  80.1  2e-13  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.16 
 
 
1224 aa  79.3  3e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.63 
 
 
1242 aa  79.3  3e-13  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 
1397 aa  79  4e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.08 
 
 
1241 aa  78.6  5e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.55 
 
 
1168 aa  78.6  5e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  35.67 
 
 
1151 aa  78.6  5e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  26.03 
 
 
1208 aa  78.6  5e-13  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  34.91 
 
 
1173 aa  78.6  5e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.89 
 
 
1217 aa  77.8  8e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30 
 
 
783 aa  77.8  8e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.89 
 
 
1217 aa  77.8  8e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  33.13 
 
 
1177 aa  77.8  9e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  43.64 
 
 
1118 aa  77  1e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 
783 aa  77  1e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.93 
 
 
1230 aa  77.4  1e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  29.05 
 
 
1157 aa  77  1e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.31 
 
 
1241 aa  76.6  2e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  32.47 
 
 
781 aa  76.3  2e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  25.16 
 
 
1117 aa  76.6  2e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.95 
 
 
1240 aa  76.6  2e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  22.93 
 
 
1152 aa  76.3  2e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.31 
 
 
1241 aa  76.6  2e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.51 
 
 
825 aa  77  2e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.98 
 
 
1241 aa  76.6  2e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  36.51 
 
 
1157 aa  76.3  3e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  28.83 
 
 
715 aa  75.9  3e-12  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  33.52 
 
 
709 aa  76.3  3e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  34.57 
 
 
1157 aa  75.5  4e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.37 
 
 
787 aa  75.9  4e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.52 
 
 
1241 aa  75.1  5e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.98 
 
 
1241 aa  75.1  6e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  30.24 
 
 
744 aa  75.1  6e-12  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.25 
 
 
1232 aa  74.3  8e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  38.89 
 
 
1161 aa  74.7  8e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  36.09 
 
 
1187 aa  74.7  8e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  26.43 
 
 
805 aa  74.3  1e-11  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.68 
 
 
1209 aa  73.9  1e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.66 
 
 
1185 aa  73.9  1e-11  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  34.56 
 
 
1121 aa  73.9  1e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.4 
 
 
805 aa  73.6  1e-11  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.47 
 
 
1241 aa  73.9  1e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>