112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0088 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  100 
 
 
781 aa  1583  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  37.06 
 
 
780 aa  508  1e-142  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  33.33 
 
 
781 aa  374  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  32.72 
 
 
783 aa  358  2e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  31.97 
 
 
786 aa  355  1e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  31.77 
 
 
794 aa  314  3e-84  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  30.79 
 
 
788 aa  310  7e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  30.87 
 
 
788 aa  308  2e-82  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  30.75 
 
 
788 aa  308  3e-82  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  29.63 
 
 
803 aa  307  6e-82  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2374  hypothetical protein  22.33 
 
 
968 aa  94  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  25.15 
 
 
984 aa  92  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  21.92 
 
 
997 aa  90.1  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0978  hypothetical protein  26.2 
 
 
1000 aa  89  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.263512  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  23.71 
 
 
951 aa  87.4  1e-15  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  22.59 
 
 
1039 aa  80.5  1e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  22.22 
 
 
1100 aa  79  3e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  20.31 
 
 
919 aa  76.6  2e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  22.34 
 
 
911 aa  76.6  2e-12  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  23.89 
 
 
909 aa  73.9  1e-11  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0454  hypothetical protein  23.8 
 
 
969 aa  70.5  1e-10  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  23.12 
 
 
993 aa  70.5  1e-10  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0460  hypothetical protein  23.8 
 
 
969 aa  70.5  1e-10  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  21.16 
 
 
991 aa  68.9  3e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  23.61 
 
 
1015 aa  68.6  4e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  24.41 
 
 
1049 aa  67  1e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  22.95 
 
 
958 aa  67  1e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 
1016 aa  66.2  2e-09  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  22.5 
 
 
1018 aa  65.9  3e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  24.73 
 
 
1048 aa  64.3  9e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  25.95 
 
 
306 aa  64.3  9e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  23.08 
 
 
1047 aa  63.9  1e-08  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  24.26 
 
 
1052 aa  63.5  1e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  23.5 
 
 
1052 aa  62.8  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  21.01 
 
 
279 aa  62.8  2e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  6.66708e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  22.29 
 
 
1000 aa  62.8  2e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  29.67 
 
 
278 aa  62.4  3e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  21.81 
 
 
1014 aa  62  4e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  21.54 
 
 
957 aa  61.6  5e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0517  hypothetical protein  21.64 
 
 
960 aa  61.6  5e-08  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0137071 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  23.96 
 
 
1052 aa  61.6  6e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  22.55 
 
 
959 aa  61.6  6e-08  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  24 
 
 
1052 aa  61.2  8e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  21.84 
 
 
916 aa  61.2  8e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  26.92 
 
 
312 aa  60.1  1e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  21.67 
 
 
997 aa  59.7  2e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  25.48 
 
 
411 aa  59.3  3e-07  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  23.5 
 
 
912 aa  58.5  4e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.47 
 
 
1042 aa  58.5  5e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  28.65 
 
 
267 aa  58.2  6e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  20.32 
 
 
930 aa  58.2  6e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  21.2 
 
 
997 aa  57.8  8e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  22.08 
 
 
988 aa  57.4  9e-07  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  26.6 
 
 
334 aa  57  1e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  25.66 
 
 
287 aa  57  1e-06  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  27.22 
 
 
302 aa  56.2  2e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  19.39 
 
 
991 aa  56.6  2e-06  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  22.7 
 
 
947 aa  55.8  3e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  28.02 
 
 
295 aa  56.2  3e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  28.57 
 
 
286 aa  55.5  4e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  22.31 
 
 
1049 aa  55.5  4e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  24.84 
 
 
293 aa  55.5  4e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  24.36 
 
 
1053 aa  54.7  6e-06  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  21.48 
 
 
263 aa  54.7  6e-06  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  20.99 
 
 
962 aa  54.7  7e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  22.62 
 
 
1062 aa  54.7  7e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  28.06 
 
 
311 aa  53.9  1e-05  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  22.99 
 
 
865 aa  53.5  1e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  21.07 
 
 
999 aa  53.9  1e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1066  UvrD/REP helicase  23.41 
 
 
1048 aa  52.8  2e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  22.67 
 
 
286 aa  52.8  2e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  20.63 
 
 
989 aa  53.5  2e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  29.63 
 
 
302 aa  52.4  3e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1287  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25 
 
 
994 aa  52.4  3e-05  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  22.28 
 
 
836 aa  52  4e-05  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  26.74 
 
 
277 aa  52.4  4e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 
1066 aa  52  4e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  27.23 
 
 
333 aa  52  4e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  26.74 
 
 
277 aa  52.4  4e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  26.74 
 
 
277 aa  52.4  4e-05  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1698  hypothetical protein  20.94 
 
 
922 aa  52.4  4e-05  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  26.6 
 
 
291 aa  51.6  5e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  25.65 
 
 
297 aa  52  5e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  21.14 
 
 
911 aa  51.2  8e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  7.54464e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  24.02 
 
 
276 aa  50.8  9e-05  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  20.51 
 
 
1037 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  24.6 
 
 
323 aa  50.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  21.12 
 
 
976 aa  49.7  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  20.57 
 
 
858 aa  49.7  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  19.85 
 
 
951 aa  49.7  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  24.31 
 
 
864 aa  49.7  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  22.49 
 
 
1019 aa  48.9  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  25.13 
 
 
302 aa  48.5  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  24.35 
 
 
297 aa  48.9  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  19.7 
 
 
862 aa  48.9  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.86385e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0086  hypothetical protein  25.38 
 
 
945 aa  48.5  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  20.46 
 
 
1054 aa  48.5  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  26.09 
 
 
259 aa  48.5  0.0005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  26.67 
 
 
304 aa  48.1  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  19.04 
 
 
872 aa  48.1  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>