More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0020 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  100 
 
 		 387 aa  770    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  36.48 
 
 		 411 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 411 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 412 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 405 aa  193  3e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 439 aa  185  9e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  44.22 
 
 		 432 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  48.69 
 
 		 417 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 411 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  32.44 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 362 aa  173  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  43.41 
 
 		 393 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 394 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  30.99 
 
 		 412 aa  170  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 426 aa  169  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  32.68 
 
 		 396 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 384 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  36.07 
 
 		 412 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 396 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  29.6 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  43.72 
 
 		 431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  32.11 
 
 		 400 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 427 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 427 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 425 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  42.01 
 
 		 454 aa  117  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.76 
 
 		 800 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.77 
 
 		 353 aa  113  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  113  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 508 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  39.53 
 
 		 466 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.42 
 
 		 570 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  35.12 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 523 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.08 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 890 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 890 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 629 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  39.76 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  33.79 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 432 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  40 
 
 		 523 aa  106  7e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 317 aa  106  8e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  36.99 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 638 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 820 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 467 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.82 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.87 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.78 
 
 		 565 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.72 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 569 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  33.49 
 
 		 430 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 764 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 764 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 569 aa  103  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  36.42 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 490 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 477 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  42.07 
 
 		 637 aa  103  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.72 
 
 		 461 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.64 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 485 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 556 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.69 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 764 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>