More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0013 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0013  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
340 aa  704  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0049  Ribonucleoside-diphosphate reductase  67.26 
 
 
340 aa  478  1e-134  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0029  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  66.08 
 
 
340 aa  469  1e-131  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000949111  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2093  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.13 
 
 
340 aa  452  1e-126  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0297  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.42 
 
 
340 aa  454  1e-126  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.382781  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0195  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  63.72 
 
 
340 aa  447  1e-124  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  62.54 
 
 
340 aa  447  1e-124  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0282  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.95 
 
 
340 aa  441  1e-123  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0256  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.65 
 
 
340 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0229  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.65 
 
 
340 aa  441  1e-122  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3222  ribonucleoside-diphosphate reductase  43.73 
 
 
342 aa  310  2e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1600  Ribonucleoside-diphosphate reductase  46.06 
 
 
369 aa  310  2e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0974461  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1696  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  43.31 
 
 
352 aa  292  7e-78  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.371216  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2355  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  41.52 
 
 
344 aa  290  2e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2670  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  41.23 
 
 
344 aa  290  4e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0335  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  42.44 
 
 
351 aa  282  8e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0893767  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2288  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  38.66 
 
 
347 aa  253  4e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.439269  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4366  Ribonucleoside-diphosphate reductase  38.89 
 
 
355 aa  252  8e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.575303  normal  0.0550239 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4305  Ribonucleoside-diphosphate reductase  38.89 
 
 
344 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5334  Ribonucleoside-diphosphate reductase  37.54 
 
 
355 aa  245  7e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0596  Ribonucleoside-diphosphate reductase  32.24 
 
 
346 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1700  Ribonucleoside-diphosphate reductase  31.83 
 
 
346 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0430  Ribonucleoside-diphosphate reductase  33.04 
 
 
347 aa  184  2e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0215  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  32.64 
 
 
346 aa  181  2e-44  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0959296  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0383  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.95 
 
 
402 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0181778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3348  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.36 
 
 
400 aa  179  5e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.443517  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0863  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.95 
 
 
387 aa  179  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661297  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3002  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  32.25 
 
 
354 aa  179  8e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.371001  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2622  Ribonucleoside-diphosphate reductase  30.29 
 
 
353 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00719466  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2940  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.84 
 
 
394 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3680  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
403 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0565  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
403 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.218324  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2639  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.48 
 
 
380 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118987  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0113  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
382 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.967769  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0596  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
382 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636491  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
403 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0498  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.27 
 
 
403 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2265  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.48 
 
 
374 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.247043  hitchhiker  7.94033e-09 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.29 
 
 
399 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.730303  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1975  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.29 
 
 
376 aa  176  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0400777  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.75 
 
 
391 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3213  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.7 
 
 
403 aa  176  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126363  normal  0.0105971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2788  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
396 aa  176  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432936  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
411 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.885023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1106  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.76 
 
 
406 aa  175  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154398  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
415 aa  175  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00871681  normal  0.016373 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3046  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.7 
 
 
402 aa  175  1e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3087  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.5 
 
 
395 aa  174  1e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3633  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.34 
 
 
396 aa  175  1e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677479  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2943  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.34 
 
 
396 aa  175  1e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1154  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
377 aa  175  1e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
376 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
403 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
407 aa  174  2e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1289  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
403 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3473  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
403 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.281363  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3274  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
403 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4609  Ribonucleoside-diphosphate reductase  31.53 
 
 
360 aa  174  2e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.384071 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3386  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.66 
 
 
387 aa  174  2e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2509  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
350 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311533  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0430  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.97 
 
 
403 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.897908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2804  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.5 
 
 
400 aa  174  3e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.276973  normal  0.329365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1500  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.77 
 
 
363 aa  173  4e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.656036  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2636  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.36 
 
 
402 aa  172  6e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2103  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.15 
 
 
354 aa  172  8e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.197754 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.59 
 
 
346 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00345425  normal  0.110035 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1009  Ribonucleoside-diphosphate reductase  31.44 
 
 
398 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.746585  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2337  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.21 
 
 
330 aa  171  2e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2574  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.07 
 
 
342 aa  170  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0538  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.59 
 
 
349 aa  169  5e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360848  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0475  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.59 
 
 
349 aa  169  6e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2528  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.38 
 
 
412 aa  169  6e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.506084  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2702  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.07 
 
 
369 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2656  Ribonucleoside-diphosphate reductase  30.97 
 
 
330 aa  168  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.840275  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0667  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  28.87 
 
 
420 aa  166  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0871304  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1637  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.46 
 
 
403 aa  166  5e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0261483  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2469  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.04 
 
 
408 aa  166  6e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00438288  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02898  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.95 
 
 
347 aa  166  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3664  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.16 
 
 
416 aa  165  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2614  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.74 
 
 
408 aa  165  9e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2459  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.64 
 
 
423 aa  165  1e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.955756  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3518  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  31.06 
 
 
386 aa  164  2e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0483754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1661  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  30.12 
 
 
415 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3721  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
415 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4387  ribonucleoside-diphosphate reductase  32.04 
 
 
350 aa  163  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.86185  normal  0.405922 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1715  Ribonucleoside-diphosphate reductase  29.45 
 
 
364 aa  163  4e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.957793  normal  0.0111265 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0205  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  28.74 
 
 
394 aa  163  4e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  1.82543e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2887  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.56 
 
 
391 aa  162  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.395919  normal  0.0685019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1191  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
416 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149701  normal  0.511312 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  28.24 
 
 
367 aa  162  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
416 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.59 
 
 
401 aa  162  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1177  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
416 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.726447  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1737  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.59 
 
 
401 aa  162  7e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1739  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  28.24 
 
 
367 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4238  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
416 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1209  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30.12 
 
 
415 aa  162  8e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3152  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.5 
 
 
416 aa  162  8e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.284704 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2041  Ribonucleoside-diphosphate reductase  30.54 
 
 
331 aa  162  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.0413781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4225  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.19 
 
 
415 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>