More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0002 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
355 aa  696  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0004  DNA polymerase III, beta subunit  58.87 
 
 
355 aa  412  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  2.63126e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2055  DNA polymerase III subunit beta  53.24 
 
 
355 aa  378  1e-103  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1851  DNA polymerase III subunit beta  52.68 
 
 
355 aa  363  2e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.12 
 
 
356 aa  330  3e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0003  DNA polymerase III subunit beta  45.07 
 
 
356 aa  319  4e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0675072  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0002  DNA polymerase III subunit beta  43.1 
 
 
355 aa  317  3e-85  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0028  DNA polymerase III subunit beta  42.54 
 
 
355 aa  314  1e-84  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.207832  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.25 
 
 
355 aa  314  2e-84  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.54 
 
 
355 aa  310  2e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 
375 aa  146  7e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 
372 aa  145  8e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 
372 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
376 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 
367 aa  139  5e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.41 
 
 
371 aa  137  3e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
372 aa  137  3e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  23.92 
 
 
366 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
373 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
367 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 
372 aa  136  7e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 
372 aa  135  1e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.55 
 
 
371 aa  134  2e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.99 
 
 
375 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 
368 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.55 
 
 
371 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 
375 aa  133  4e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
372 aa  133  4e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 
375 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
371 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  27.13 
 
 
370 aa  132  1e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 
372 aa  132  1e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.82 
 
 
368 aa  131  2e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.01704e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  26.01 
 
 
371 aa  131  2e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.93 
 
 
372 aa  131  2e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.82 
 
 
366 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
373 aa  130  5e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.86 
 
 
365 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 
367 aa  129  7e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 
367 aa  129  7e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 
367 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  26.3 
 
 
366 aa  128  1e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.86 
 
 
372 aa  128  2e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.57 
 
 
371 aa  127  2e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
372 aa  128  2e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.32 
 
 
367 aa  128  2e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  26.1 
 
 
366 aa  128  2e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
367 aa  128  2e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.05 
 
 
366 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
372 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.75 
 
 
367 aa  127  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 
366 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 
367 aa  126  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.12 
 
 
366 aa  125  8e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.05 
 
 
366 aa  125  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 
372 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
369 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  26.74 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
372 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.52 
 
 
366 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  25.4 
 
 
372 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.91 
 
 
372 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.91 
 
 
367 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
373 aa  124  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 
371 aa  123  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 
366 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.91 
 
 
366 aa  123  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.86 
 
 
372 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.53 
 
 
367 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
367 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  23.88 
 
 
390 aa  123  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.01 
 
 
366 aa  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
372 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.86 
 
 
373 aa  122  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
373 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.48 
 
 
366 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
367 aa  122  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.04 
 
 
368 aa  122  1e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.47 
 
 
372 aa  122  1e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
372 aa  121  2e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 
393 aa  121  2e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 
393 aa  121  2e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.67 
 
 
372 aa  121  2e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
372 aa  121  2e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.77 
 
 
370 aa  121  2e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
372 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.5 
 
 
367 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.44 
 
 
382 aa  120  5e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25.14 
 
 
366 aa  120  5e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 
368 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  26.4 
 
 
373 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  26.14 
 
 
375 aa  119  9e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
366 aa  119  1e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 
374 aa  118  1e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  26.93 
 
 
373 aa  119  1e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.21 
 
 
371 aa  118  1e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.23 
 
 
367 aa  118  1e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  24.47 
 
 
372 aa  118  1e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.18 
 
 
367 aa  118  2e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
372 aa  117  2e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>