223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0046 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148422  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>