205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0035 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  167  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  98.82 
 
 
88 bp  153  8e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  97.62 
 
 
83 bp  143  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  1.9352e-06  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  97.67 
 
 
89 bp  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  96.47 
 
 
88 bp  137  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  96.47 
 
 
85 bp  137  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  98.7 
 
 
88 bp  137  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  98.7 
 
 
88 bp  137  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  96.47 
 
 
88 bp  137  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  135  2e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  96.51 
 
 
86 bp  131  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  129  1e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  96.05 
 
 
87 bp  127  4e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  97.37 
 
 
83 bp  127  4e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  95.35 
 
 
86 bp  123  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  96.1 
 
 
85 bp  121  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  121  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  96.05 
 
 
83 bp  119  1e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  96.05 
 
 
83 bp  119  1e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  93.02 
 
 
89 bp  117  4e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  117  4e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  117  4e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  117  4e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  117  4e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  93.02 
 
 
89 bp  117  4e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  117  4e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  94.19 
 
 
89 bp  115  2e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  94.74 
 
 
86 bp  113  7e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  92.94 
 
 
88 bp  113  7e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  93.02 
 
 
89 bp  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  91.76 
 
 
88 bp  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  92.41 
 
 
86 bp  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0086  tRNA-Leu  91.86 
 
 
89 bp  99.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  93.15 
 
 
86 bp  97.6  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  93.15 
 
 
86 bp  97.6  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34442e-13 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  92.96 
 
 
83 bp  93.7  6e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  91.78 
 
 
83 bp  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0025  tRNA-Leu  90.67 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.873101  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  97.87 
 
 
91 bp  85.7  1e-15  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.78 
 
 
88 bp  81.8  2e-14  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  89.19 
 
 
83 bp  75.8  1e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  89.19 
 
 
83 bp  75.8  1e-12  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0029  tRNA-Leu  87.34 
 
 
88 bp  69.9  9e-11  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.98774e-05  normal  0.0770032 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10180  tRNA-Leu  86.25 
 
 
89 bp  65.9  1e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.92924e-07  hitchhiker  4.70652e-07 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  97.5 
 
 
90 bp  63.9  5e-09  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  87.34 
 
 
87 bp  61.9  2e-08  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  88.73 
 
 
89 bp  61.9  2e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
86 bp  60  9e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  86.49 
 
 
83 bp  60  9e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
83 bp  60  9e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
86 bp  60  9e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
86 bp  60  9e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  87.14 
 
 
83 bp  60  9e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
83 bp  60  9e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
83 bp  60  9e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07180  tRNA-Leu  92.86 
 
 
89 bp  60  9e-08  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.22258e-05  normal  0.69512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  87.14 
 
 
83 bp  60  9e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.90676e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.84186e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.2486e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.04733e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.6251e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.00431e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.30562e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  5.11296e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.52066e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  9.63852e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.25021e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.7209e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  88.41 
 
 
87 bp  58  3e-07  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.654e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  9.00844e-10  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  86.96 
 
 
85 bp  58  3e-07  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0007  tRNA-Leu  94.59 
 
 
84 bp  58  3e-07  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0151  tRNA-Leu  94.59 
 
 
84 bp  58  3e-07  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.56484e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.25029e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  90.57 
 
 
87 bp  58  3e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.49408e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.41532e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.64855e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  58  3e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.41658e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.55517e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.70615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  87.67 
 
 
89 bp  58  3e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.38011e-15  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>