More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0031 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_R0045  16S ribosomal RNA  91.46 
 
 		 1520 bp  1923    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000645163  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0052  16S ribosomal RNA  91.53 
 
 		 1519 bp  1923    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0363262  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 		 1519 bp  2956    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0057  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 		 1532 bp  1635    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 1511 bp  1893    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 1506 bp  2008    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1498 bp  1384    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07440  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 1527 bp  1788    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.496613 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1501 bp  2155    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 1526 bp  1199    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1501 bp  2155    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 1505 bp  2022    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0035  16S ribosomal RNA  91.65 
 
 		 1507 bp  1947    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000731111  normal  0.0208084 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1543 bp  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1505 bp  2022    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0053  16S ribosomal RNA  91.65 
 
 		 1507 bp  1947    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0136831  normal  0.0232267 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1543 bp  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 1526 bp  1199    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 		 1526 bp  1191    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1543 bp  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 		 1519 bp  2956    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 		 1519 bp  2956    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0046  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 1500 bp  714    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.473893 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1498 bp  1384    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1543 bp  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0013  16S ribosomal RNA  91.53 
 
 		 1519 bp  1923    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1505 bp  2022    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  83.08 
 
 		 1548 bp  702    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  83.08 
 
 		 1548 bp  702    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1512 bp  1963    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06910  16S ribosomal RNA  90.56 
 
 		 1527 bp  1804    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1501 bp  2155    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25530  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 1527 bp  1788    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 1510 bp  1146    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0065  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 1510 bp  1146    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  87.09 
 
 		 1525 bp  1183    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 		 1527 bp  1822    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0019  16S ribosomal RNA  89.6 
 
 		 1534 bp  1628    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0070  16S ribosomal RNA  89.6 
 
 		 1534 bp  1628    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0736404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1471 bp  1291    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1471 bp  1291    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1471 bp  1291    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1471 bp  1291    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1548 bp  716    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1548 bp  716    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0032  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 		 1532 bp  1635    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 1505 bp  2022    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  91.2 
 
 		 1511 bp  1901    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  93.18 
 
 		 1505 bp  2149    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0029  16S ribosomal RNA  91.53 
 
 		 1519 bp  1923    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.247127  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0079  16S ribosomal RNA  89.73 
 
 		 1532 bp  1635    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  93.18 
 
 		 1505 bp  2149    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0068  16S ribosomal RNA  91.65 
 
 		 1507 bp  1947    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253796  decreased coverage  0.00746602 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1555 bp  880    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  92.94 
 
 		 1512 bp  2127    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  92.94 
 
 		 1512 bp  2127    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0024  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 		 1515 bp  1794    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.707954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0041  16S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 1515 bp  1778    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00000734371  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1532 bp  698    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1532 bp  698    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0043  16S ribosomal RNA  84.71 
 
 		 1526 bp  654    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000809065  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0018  16S ribosomal RNA  91.17 
 
 		 1517 bp  1911    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.298469  normal  0.903608 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0039  16S ribosomal RNA  91.17 
 
 		 1517 bp  1911    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0163381  hitchhiker  0.00923101 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 1510 bp  1146    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 1510 bp  1146    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0076  16S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 1514 bp  1088    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0555033 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1517 bp  1110    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1517 bp  1110    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1517 bp  1110    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1517 bp  1110    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1517 bp  1110    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  92.39 
 
 		 1509 bp  2042    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  90.28 
 
 		 1527 bp  1814    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04500  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 		 1523 bp  1735    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13550  16S ribosomal RNA  90.68 
 
 		 1523 bp  1727    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0361691  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21650  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 		 1523 bp  1735    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0589371  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  91.42 
 
 		 1520 bp  1913    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  91.42 
 
 		 1520 bp  1913    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0021  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 		 1515 bp  1794    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.222363 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0038  16S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 1515 bp  1778    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 1515 bp  1828    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  90.64 
 
 		 1515 bp  1812    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  82.91 
 
 		 1538 bp  712    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  83.08 
 
 		 1538 bp  728    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03860  16S ribosomal RNA  90.39 
 
 		 1632 bp  1812    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0341976  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05560  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 		 1527 bp  1788    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14290    89.1 
 
 		 2926 bp  1368    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 		 1510 bp  1146    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0021  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 		 1515 bp  1794    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.812892  normal  0.0276093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0038  16S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 1515 bp  1778    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00000101805  decreased coverage  0.0014476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  91.01 
 
 		 1513 bp  1889    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  91.01 
 
 		 1513 bp  1889    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1528 bp  3029    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1528 bp  3029    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1528 bp  3027    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  82.38 
 
 		 1563 bp  670    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  82.38 
 
 		 1563 bp  670    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 1540 bp  1687    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1512 bp  1963    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1512 bp  1963    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>