166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0027 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  115  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  94.03 
 
 		 72 bp  101  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  91.78 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  92.54 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  90.41 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  86.15 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>