More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4539 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  41.91 
 
 
1078 aa  664    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1067 aa  2116    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  39.83 
 
 
1082 aa  656    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  58.01 
 
 
1050 aa  1106    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  48.37 
 
 
1161 aa  895    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  40.46 
 
 
1232 aa  678    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  57.68 
 
 
1001 aa  1097    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  51.14 
 
 
1124 aa  954    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  58.02 
 
 
1089 aa  1113    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  92 
 
 
1062 aa  1908    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  43.41 
 
 
1132 aa  654    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  52.18 
 
 
1032 aa  941    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  39.07 
 
 
1033 aa  611  1e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  44.15 
 
 
1075 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  39.12 
 
 
1027 aa  593  1e-168  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  38.36 
 
 
1089 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  65.67 
 
 
1156 aa  573  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  37.6 
 
 
1174 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  63.66 
 
 
428 aa  525  1e-147  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  55.97 
 
 
446 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  52.17 
 
 
408 aa  439  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  50.95 
 
 
414 aa  435  1e-120  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  53.93 
 
 
1127 aa  432  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  54.23 
 
 
1244 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  51.33 
 
 
411 aa  415  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  50.36 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  42.79 
 
 
414 aa  346  2e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.14 
 
 
732 aa  261  6e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  33.58 
 
 
671 aa  251  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  33.43 
 
 
671 aa  250  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.41 
 
 
671 aa  247  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  32.06 
 
 
729 aa  244  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  31.96 
 
 
728 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  32.5 
 
 
728 aa  241  5.999999999999999e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  31.09 
 
 
728 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  31.09 
 
 
728 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  28.55 
 
 
689 aa  238  3e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.37 
 
 
765 aa  238  5.0000000000000005e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.81 
 
 
625 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.71 
 
 
739 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.7 
 
 
742 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  32.97 
 
 
735 aa  234  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  31.42 
 
 
727 aa  233  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.96 
 
 
694 aa  233  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  30.37 
 
 
723 aa  232  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.21 
 
 
639 aa  230  9e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  27.47 
 
 
689 aa  230  1e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.92 
 
 
715 aa  230  1e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.88 
 
 
747 aa  229  2e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  28.83 
 
 
858 aa  229  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.98 
 
 
725 aa  228  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  28.83 
 
 
726 aa  228  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.03 
 
 
747 aa  228  6e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  31.18 
 
 
727 aa  228  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.03 
 
 
747 aa  228  6e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
753 aa  227  7e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.03 
 
 
751 aa  227  8e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  34.03 
 
 
753 aa  227  8e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  34.03 
 
 
751 aa  227  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  30.89 
 
 
717 aa  227  8e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.03 
 
 
751 aa  227  8e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 
753 aa  227  9e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.03 
 
 
751 aa  227  9e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.81 
 
 
756 aa  227  1e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  32.77 
 
 
797 aa  227  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 
798 aa  227  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  29.61 
 
 
825 aa  225  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  31.68 
 
 
783 aa  224  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 
741 aa  224  8e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 
764 aa  223  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  30.79 
 
 
760 aa  223  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 
735 aa  223  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.53 
 
 
783 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.41 
 
 
768 aa  224  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  31.22 
 
 
786 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  33.1 
 
 
779 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 
735 aa  223  1.9999999999999999e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.52 
 
 
730 aa  222  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  27.94 
 
 
630 aa  222  3e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.52 
 
 
730 aa  222  3e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.35 
 
 
673 aa  221  3.9999999999999997e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  28.75 
 
 
724 aa  221  7e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.92 
 
 
751 aa  221  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  32.14 
 
 
770 aa  221  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.16 
 
 
772 aa  220  1e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.52 
 
 
876 aa  220  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  32.78 
 
 
757 aa  220  1e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  29.13 
 
 
826 aa  219  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.43 
 
 
751 aa  218  5e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.34 
 
 
765 aa  217  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  28 
 
 
638 aa  217  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.16 
 
 
759 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.12 
 
 
795 aa  216  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.55 
 
 
729 aa  216  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.84 
 
 
757 aa  215  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.9 
 
 
729 aa  215  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.38 
 
 
932 aa  215  2.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.66 
 
 
659 aa  215  3.9999999999999995e-54  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  33.57 
 
 
770 aa  215  3.9999999999999995e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.7 
 
 
660 aa  215  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>