More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4159 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 91 aa  178  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  57.47 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  57.78 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  56.04 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  55.68 
 
 		 91 aa  100  7e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 94 aa  99.4  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  52.87 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  53.49 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  55.17 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5693  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0471576  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 94 aa  97.1  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 94 aa  97.1  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  52.33 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0184  DNA-binding protein HU 1  57.3 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  54.02 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0183  DNA-binding protein HU 1  56.18 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000296943  hitchhiker  2.26878e-36 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3494  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000668206  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 91 aa  94.4  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 91 aa  94.4  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  52.22 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 91 aa  93.6  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3756  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000231467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000204463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3473  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.59147e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000148823  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3827  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000818253  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000587043  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  51.72 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  48.35 
 
 		 93 aa  93.6  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1474  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000112809  hitchhiker  0.00000484208 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3740  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000145695 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000704337  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2069  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 95 aa  93.6  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 		 91 aa  93.6  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0074  DNA-binding protein HU  53.49 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000000481156  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  53.41 
 
 		 91 aa  93.6  8e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  55.68 
 
 		 91 aa  93.6  9e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>