More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3643 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  91.67 
 
 
516 aa  872    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  100 
 
 
516 aa  1021    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1305  diguanylate cyclase  43.16 
 
 
509 aa  331  2e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4162  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
501 aa  288  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3494  diguanylate cyclase  37.96 
 
 
505 aa  273  5.000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246951  normal  0.101528 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  38.03 
 
 
550 aa  111  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  39.46 
 
 
555 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.53 
 
 
565 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
563 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 
1338 aa  108  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3376  diguanylate cyclase  41.06 
 
 
520 aa  107  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0759429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
360 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  34.91 
 
 
568 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  42.48 
 
 
264 aa  107  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 
642 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  35.36 
 
 
977 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
513 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 
668 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  37.64 
 
 
942 aa  103  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.88 
 
 
325 aa  103  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.7 
 
 
418 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  38.89 
 
 
1637 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  34.39 
 
 
609 aa  103  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
570 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 
431 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.32 
 
 
527 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1657  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
530 aa  102  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  31.65 
 
 
604 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.87 
 
 
381 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 
671 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  41.35 
 
 
628 aa  102  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.48 
 
 
587 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1665  diguanylate cyclase  37.84 
 
 
530 aa  101  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.772741  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.79 
 
 
713 aa  101  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
496 aa  101  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.79 
 
 
704 aa  100  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.12 
 
 
632 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.36 
 
 
457 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.1 
 
 
690 aa  100  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.36 
 
 
1636 aa  100  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.61 
 
 
342 aa  100  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 
607 aa  100  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
591 aa  99.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 
457 aa  99.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.29 
 
 
336 aa  99.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
357 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.62 
 
 
458 aa  99  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  38.06 
 
 
267 aa  99.4  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.21 
 
 
421 aa  99  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
614 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 
309 aa  99.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  39.64 
 
 
786 aa  99  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4702  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
464 aa  98.6  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781083  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.99 
 
 
457 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.12 
 
 
314 aa  97.8  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  40.8 
 
 
409 aa  97.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.86 
 
 
571 aa  97.4  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
401 aa  97.4  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.97 
 
 
457 aa  97.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.79 
 
 
1003 aa  97.1  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
536 aa  96.7  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.24 
 
 
457 aa  97.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 
686 aa  96.7  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
1003 aa  97.1  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
523 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
459 aa  96.7  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  37.27 
 
 
529 aa  96.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.87 
 
 
748 aa  95.9  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
379 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.83 
 
 
354 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.62 
 
 
696 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.27 
 
 
778 aa  95.9  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
569 aa  96.3  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
853 aa  95.9  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
285 aa  96.3  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  42.28 
 
 
353 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 
314 aa  96.3  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 
755 aa  95.9  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  37.11 
 
 
718 aa  95.9  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  33.15 
 
 
578 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.76 
 
 
381 aa  95.9  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36.95 
 
 
555 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  35.53 
 
 
410 aa  95.9  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  36.75 
 
 
448 aa  95.9  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  35.03 
 
 
291 aa  95.5  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  34.83 
 
 
462 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
312 aa  95.9  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.84 
 
 
422 aa  95.5  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  41.21 
 
 
305 aa  95.9  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.73 
 
 
355 aa  95.5  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  27.34 
 
 
628 aa  95.1  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 
306 aa  95.1  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35 
 
 
458 aa  94.7  3e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.53 
 
 
370 aa  94.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
429 aa  95.1  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
592 aa  94.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  31.58 
 
 
477 aa  94.4  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
492 aa  94.4  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  35.38 
 
 
642 aa  94.7  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>