More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3482 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  70.6 
 
 		 990 aa  703    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  69.78 
 
 		 1040 aa  711    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  66.1 
 
 		 1151 aa  694    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  69.29 
 
 		 1043 aa  703    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  100 
 
 		 1024 aa  1989    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  64.77 
 
 		 987 aa  646    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  68.24 
 
 		 1091 aa  669    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  71.8 
 
 		 908 aa  671    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  72.69 
 
 		 974 aa  740    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  70.81 
 
 		 922 aa  702    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  69.92 
 
 		 1244 aa  644    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  69.08 
 
 		 1334 aa  716    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  77.84 
 
 		 1058 aa  1330    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  68.34 
 
 		 1080 aa  667    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  63.88 
 
 		 961 aa  646    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  61.49 
 
 		 1123 aa  695    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  77.43 
 
 		 717 aa  730    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  69.25 
 
 		 1041 aa  710    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  71.7 
 
 		 944 aa  698    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  70.42 
 
 		 952 aa  695    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  64.77 
 
 		 991 aa  647    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  74.57 
 
 		 1427 aa  731    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  70.7 
 
 		 1093 aa  736    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  69.68 
 
 		 1117 aa  702    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  70.78 
 
 		 1018 aa  671    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  69.9 
 
 		 1265 aa  718    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  67.86 
 
 		 1113 aa  704    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  66.4 
 
 		 1016 aa  657    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  69.29 
 
 		 1007 aa  674    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  72.02 
 
 		 702 aa  683    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  72.78 
 
 		 1070 aa  703    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  76.81 
 
 		 1048 aa  730    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  64.77 
 
 		 991 aa  647    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  65.78 
 
 		 953 aa  621  1e-176  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  67.17 
 
 		 959 aa  622  1e-176  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  62.26 
 
 		 1022 aa  588  1e-166  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  61.19 
 
 		 1093 aa  580  1e-164  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.29 
 
 		 457 aa  397  1e-109  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  43.21 
 
 		 492 aa  332  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  43.03 
 
 		 559 aa  331  6e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  44.2 
 
 		 564 aa  326  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  42.47 
 
 		 494 aa  315  3.9999999999999997e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  43.22 
 
 		 636 aa  314  5.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  42.21 
 
 		 483 aa  307  5.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  41.78 
 
 		 562 aa  305  3.0000000000000004e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  45.27 
 
 		 485 aa  301  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  45.52 
 
 		 485 aa  300  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  39.53 
 
 		 503 aa  300  8e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  41.63 
 
 		 491 aa  300  9e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1735  ribonuclease  41.5 
 
 		 499 aa  300  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.776298 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  40.68 
 
 		 1128 aa  300  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  41.16 
 
 		 1084 aa  299  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  40 
 
 		 496 aa  298  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  40 
 
 		 496 aa  298  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  41.01 
 
 		 938 aa  298  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  39.91 
 
 		 543 aa  298  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1053 aa  298  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  41.92 
 
 		 497 aa  298  5e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40.68 
 
 		 1124 aa  297  5e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  38.85 
 
 		 1061 aa  297  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  40.63 
 
 		 1142 aa  297  8e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  40.33 
 
 		 496 aa  296  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  40.26 
 
 		 1059 aa  296  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  40.53 
 
 		 1056 aa  296  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1375  ribonuclease  40.99 
 
 		 483 aa  296  1e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  42.68 
 
 		 571 aa  296  1e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  40.79 
 
 		 1092 aa  296  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  38.5 
 
 		 1056 aa  295  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  41.79 
 
 		 489 aa  296  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  39.63 
 
 		 1102 aa  295  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  41.16 
 
 		 1128 aa  295  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  40.37 
 
 		 1035 aa  295  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  40.79 
 
 		 1111 aa  295  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  40.79 
 
 		 1068 aa  295  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  40.53 
 
 		 1059 aa  295  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  40.53 
 
 		 1059 aa  295  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  40.74 
 
 		 1014 aa  295  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  41.05 
 
 		 1057 aa  294  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1087 aa  294  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  42.33 
 
 		 879 aa  294  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1087 aa  294  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1085 aa  294  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1088 aa  294  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  41.16 
 
 		 1088 aa  294  6e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1088 aa  294  6e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  40.58 
 
 		 1131 aa  294  6e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  37.26 
 
 		 1074 aa  294  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  41.87 
 
 		 495 aa  293  8e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  41.5 
 
 		 489 aa  293  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  40.26 
 
 		 1068 aa  293  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  41.15 
 
 		 411 aa  293  8e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1090 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  40.53 
 
 		 1090 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  40 
 
 		 1096 aa  293  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  41.5 
 
 		 489 aa  293  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  40.37 
 
 		 1093 aa  293  9e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  40.37 
 
 		 1158 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  40.37 
 
 		 1144 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1975  ribonuclease G  40.1 
 
 		 501 aa  293  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.767333  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40.8 
 
 		 1065 aa  293  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>