More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3426 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  86.23 
 
 
531 aa  852    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
531 aa  1020    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  53.01 
 
 
583 aa  513  1e-144  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  53.29 
 
 
573 aa  514  1e-144  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  53.15 
 
 
582 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  52.77 
 
 
582 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  52.77 
 
 
582 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  53.35 
 
 
573 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  49.81 
 
 
610 aa  489  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  54.51 
 
 
525 aa  479  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  48.18 
 
 
600 aa  479  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  49.72 
 
 
581 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  49.08 
 
 
503 aa  475  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  49.72 
 
 
581 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  51.07 
 
 
577 aa  473  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  49.35 
 
 
582 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  52.37 
 
 
611 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  49.35 
 
 
582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  47.25 
 
 
580 aa  470  1.0000000000000001e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  51.87 
 
 
574 aa  468  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  50.56 
 
 
592 aa  463  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  48.5 
 
 
629 aa  460  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  47.34 
 
 
585 aa  460  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  48.23 
 
 
602 aa  448  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  49.72 
 
 
694 aa  446  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  48.16 
 
 
498 aa  443  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  47.7 
 
 
523 aa  433  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  46.81 
 
 
508 aa  430  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  44.53 
 
 
505 aa  422  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  44.88 
 
 
504 aa  425  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  44.47 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  44.88 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  44.67 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  44.67 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  44.88 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  44.67 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  44.67 
 
 
505 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  43.86 
 
 
490 aa  417  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  46.86 
 
 
602 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  44.06 
 
 
504 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  44.26 
 
 
504 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  44.38 
 
 
494 aa  410  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  44.06 
 
 
532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  46.26 
 
 
573 aa  402  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 
546 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  47.03 
 
 
497 aa  400  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  40.86 
 
 
551 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  42.71 
 
 
516 aa  397  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  47.11 
 
 
659 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  43.24 
 
 
516 aa  396  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  44.28 
 
 
506 aa  399  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  47.11 
 
 
659 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  43.14 
 
 
606 aa  395  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  42.62 
 
 
516 aa  392  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  46.09 
 
 
667 aa  395  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.31 
 
 
657 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  42.21 
 
 
516 aa  389  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  42.42 
 
 
516 aa  390  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  42.42 
 
 
516 aa  389  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  43.68 
 
 
671 aa  391  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  47.91 
 
 
586 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  42.98 
 
 
558 aa  389  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  42.42 
 
 
516 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  44.38 
 
 
664 aa  389  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  42.01 
 
 
516 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  42.21 
 
 
516 aa  388  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  42.21 
 
 
516 aa  388  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  38.13 
 
 
663 aa  387  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  39.67 
 
 
548 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  44.74 
 
 
556 aa  387  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  39.67 
 
 
548 aa  386  1e-106  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.59 
 
 
567 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  45.22 
 
 
545 aa  383  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  38.68 
 
 
530 aa  382  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  44.93 
 
 
661 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  43.33 
 
 
646 aa  377  1e-103  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.72 
 
 
661 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  38.87 
 
 
538 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.81 
 
 
583 aa  373  1e-102  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.58 
 
 
542 aa  373  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  40.42 
 
 
544 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  42.24 
 
 
514 aa  374  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  42.11 
 
 
637 aa  375  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  44.19 
 
 
606 aa  375  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  41.32 
 
 
526 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  44.59 
 
 
580 aa  372  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  41.65 
 
 
530 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  40.68 
 
 
606 aa  371  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  45.55 
 
 
538 aa  369  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  45.42 
 
 
673 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  40.16 
 
 
550 aa  366  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  44.44 
 
 
682 aa  368  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  40.37 
 
 
520 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  46.59 
 
 
525 aa  368  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  43.19 
 
 
698 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  45.01 
 
 
691 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  40.37 
 
 
520 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1122  transporter, BCCT family protein  48.35 
 
 
515 aa  365  1e-99  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 
685 aa  364  2e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  44.67 
 
 
661 aa  364  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>