More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3404 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 215 aa  428  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  84.69 
 
 		 196 aa  334  5e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  80.61 
 
 		 201 aa  313  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  79.19 
 
 		 202 aa  307  6.999999999999999e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1719  transcriptional regulator, XRE family  78.38 
 
 		 204 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.017651  normal  0.124941 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  68.75 
 
 		 198 aa  265  4e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  69.52 
 
 		 192 aa  253  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  65.79 
 
 		 194 aa  252  4.0000000000000004e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3050  transcriptional regulator, XRE family  67.02 
 
 		 195 aa  248  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0215158  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  70.9 
 
 		 194 aa  246  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  66.31 
 
 		 223 aa  245  4e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1965  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 194 aa  242  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0249499  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  67.76 
 
 		 200 aa  239  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 219 aa  238  4e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  64.29 
 
 		 201 aa  237  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  65.78 
 
 		 197 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  62.57 
 
 		 192 aa  235  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  59.47 
 
 		 191 aa  234  5.0000000000000005e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  67.37 
 
 		 195 aa  234  7e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  61.96 
 
 		 199 aa  234  7e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  58.95 
 
 		 191 aa  230  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  63.3 
 
 		 200 aa  230  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3019  transcriptional regulator, XRE family  60.94 
 
 		 198 aa  223  2e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  58.29 
 
 		 197 aa  223  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  58.06 
 
 		 197 aa  213  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  59.79 
 
 		 191 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2592  transcriptional regulator, XRE family  67.01 
 
 		 210 aa  213  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1667  XRE family transcriptional regulator  64.02 
 
 		 214 aa  202  3e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  53.19 
 
 		 190 aa  186  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1711  transcriptional regulator, XRE family  56.38 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.63161  normal  0.919847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2365  transcriptional regulator, XRE family  51.05 
 
 		 193 aa  150  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.977725  normal  0.0272358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4050  transcriptional regulator, XRE family  51.22 
 
 		 192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2893  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 169 aa  145  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3617  XRE family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2586  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.45 
 
 		 126 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000628471  hitchhiker  0.000111842 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  41.97 
 
 		 192 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  42.7 
 
 		 190 aa  118  7.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  39.9 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 189 aa  90.9  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  36.22 
 
 		 198 aa  89.4  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2440  transcriptional regulator, XRE family  34.68 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.086441  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.92 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  30.41 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.32 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  39.57 
 
 		 186 aa  74.3  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 193 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  30.06 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 201 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 192 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 192 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 183 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  29.47 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 191 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  29.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 281 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  28.99 
 
 		 269 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  24.31 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 189 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  29.05 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  29.19 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>