More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3179 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 215 aa  430  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3404  TetR family transcriptional regulator  87.37 
 
 		 198 aa  330  1e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64747  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2506  transcriptional regulator, TetR family  50.52 
 
 		 219 aa  194  6e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.368527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  47.18 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 196 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 205 aa  167  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  49.75 
 
 		 211 aa  162  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  47.94 
 
 		 203 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0576  transcriptional regulator, TetR family  47.67 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  43 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  46.39 
 
 		 198 aa  157  9e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 206 aa  155  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  44.39 
 
 		 228 aa  147  9e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2395  transcriptional regulator, TetR family  42.05 
 
 		 205 aa  145  6e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.431985  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0253  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 208 aa  135  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.920099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28140  transcriptional regulator  43.68 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0641  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.109704  normal  0.126118 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1366  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 235 aa  123  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0482522  normal  0.0728361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 209 aa  121  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 200 aa  119  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0472  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.957077  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0483  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0459  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  40.84 
 
 		 194 aa  116  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0477  TetR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 202 aa  114  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  36.92 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2569  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 197 aa  111  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2588  transcriptional regulator, TetR family  41.85 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0463  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 193 aa  106  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1085  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 187 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.973817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1058  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 187 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1074  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 187 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.220175  normal  0.111345 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1733  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 213 aa  95.5  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0446931  hitchhiker  0.00691691 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1232  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3080  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 190 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0935243  normal  0.29502 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3055  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.477394  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10262  hypothetical protein  31.5 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.277133  normal  0.125869 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2830  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.082996  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1562  putative transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6471  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0297  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0512572 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3662  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3926  TetR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4597  TetR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568004 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1000  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4133  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.110099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4395  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5785  TetR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.558716 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 193 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5533  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.445482  normal  0.987341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3617  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4750  TetR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0204514 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4918  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4783  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.690259 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 233 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 233 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3581  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.919672  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1153  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 246 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.181492  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  38.57 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1521  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.81 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4666  TetR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243183 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  52.54 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3239  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.845515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0757  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0106421  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2880  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>