More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3140 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  78.41 
 
 
485 aa  758    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  80.24 
 
 
496 aa  775    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  83.27 
 
 
507 aa  780    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  76.89 
 
 
493 aa  728    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  80.16 
 
 
490 aa  769    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  81.74 
 
 
488 aa  766    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  78.78 
 
 
492 aa  754    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  81.26 
 
 
492 aa  791    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  75.7 
 
 
499 aa  733    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  82.34 
 
 
500 aa  775    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  81.91 
 
 
485 aa  763    Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  79.55 
 
 
491 aa  770    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  81.65 
 
 
496 aa  758    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  76.8 
 
 
481 aa  729    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  68.81 
 
 
500 aa  649    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  82.64 
 
 
488 aa  751    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  79.63 
 
 
492 aa  761    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
493 aa  987    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  78.93 
 
 
479 aa  754    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  81.21 
 
 
495 aa  788    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  79.09 
 
 
487 aa  757    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  82.57 
 
 
487 aa  776    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  78.01 
 
 
481 aa  745    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  83.78 
 
 
480 aa  791    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  78.93 
 
 
479 aa  754    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  81.3 
 
 
488 aa  792    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  80.65 
 
 
493 aa  795    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  69.84 
 
 
491 aa  686    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  99.39 
 
 
493 aa  980    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  79.02 
 
 
493 aa  755    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  77.85 
 
 
505 aa  716    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  80.16 
 
 
491 aa  773    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  82.28 
 
 
495 aa  787    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  77.89 
 
 
515 aa  745    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  77.39 
 
 
485 aa  750    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  80.04 
 
 
490 aa  775    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  78.93 
 
 
479 aa  754    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  77.62 
 
 
481 aa  743    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  66.16 
 
 
427 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  64.86 
 
 
418 aa  461  9.999999999999999e-129  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  65.41 
 
 
403 aa  457  1e-127  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  65.8 
 
 
405 aa  458  1e-127  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  66.57 
 
 
407 aa  430  1e-119  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  54.74 
 
 
529 aa  399  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  61.19 
 
 
411 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.85 
 
 
672 aa  339  8e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  52.24 
 
 
677 aa  338  1.9999999999999998e-91  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  51.52 
 
 
736 aa  337  3.9999999999999995e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.55 
 
 
676 aa  335  7.999999999999999e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  49.85 
 
 
678 aa  332  9e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  51.49 
 
 
654 aa  323  5e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  43.54 
 
 
400 aa  302  9e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.82 
 
 
411 aa  300  4e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.05 
 
 
661 aa  296  5e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  45.71 
 
 
560 aa  295  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  45.11 
 
 
563 aa  293  7e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  45.11 
 
 
563 aa  292  8e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  44.41 
 
 
559 aa  291  1e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.05 
 
 
403 aa  290  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
557 aa  289  7e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  44.16 
 
 
558 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  44.44 
 
 
556 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  43.63 
 
 
560 aa  283  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.41 
 
 
705 aa  283  4.0000000000000003e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.51 
 
 
687 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.5 
 
 
573 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
382 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  44 
 
 
561 aa  281  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  43.59 
 
 
567 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  41.57 
 
 
720 aa  281  2e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  42.81 
 
 
597 aa  280  4e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  45.18 
 
 
568 aa  280  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  45.18 
 
 
568 aa  280  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  43.75 
 
 
573 aa  280  6e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  43.77 
 
 
568 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.77 
 
 
568 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.77 
 
 
568 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  40.51 
 
 
570 aa  279  7e-74  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.11 
 
 
415 aa  279  7e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 
564 aa  279  8e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 
564 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
589 aa  279  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  41.93 
 
 
562 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  43.43 
 
 
560 aa  278  2e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 
576 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
570 aa  278  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  42.74 
 
 
571 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 
576 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
577 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 
576 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 
576 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  40.75 
 
 
604 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>