More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2855 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2855  ribosomal protein L28  100 
 
 		 78 aa  160  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.621933  normal  0.357043 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2903  ribosomal protein L28  92.31 
 
 		 78 aa  137  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.961047  normal  0.643497 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3372  50S ribosomal protein L28  67.95 
 
 		 78 aa  118  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1468  ribosomal protein L28  61.54 
 
 		 78 aa  110  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.255813  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19190  50S ribosomal protein L28  61.54 
 
 		 78 aa  108  3e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.182224  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0607  ribosomal protein L28  63.64 
 
 		 79 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3723  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3921  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  100  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0287  ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  100  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123912  normal  0.0142776 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  99  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  98.6  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0386  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  98.2  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  hitchhiker  0.000000115642 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4560  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00191213  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000230782  hitchhiker  0.0000579861 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000507603  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109188  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  97.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000843852  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  97.4  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000849102  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0328  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000391989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3856  ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  96.7  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000509188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 106 aa  95.9  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  95.9  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  95.5  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  95.1  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5489  50S ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  94.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.234709  normal  0.110528 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  50 
 
 		 78 aa  93.6  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2640  ribosomal protein L28  48.72 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1734  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.111139  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3291  ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0191  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000089275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 78 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0048  ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  92  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.635259  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  48.72 
 
 		 78 aa  92  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  56 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 77 aa  91.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 77 aa  91.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00055  ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000288614  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  50 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2139  ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.476497  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.9  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2971  50S ribosomal protein L28  49.33 
 
 		 78 aa  90.5  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458218  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.9  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  90.5  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000303775 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1117  50S ribosomal protein L28  54.67 
 
 		 77 aa  90.1  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.1  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  90.1  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1452  50S ribosomal protein L28  50.67 
 
 		 77 aa  90.1  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.843962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  50 
 
 		 78 aa  89.4  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00654  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  52 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  90.1  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 77 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36500  LSU ribosomal protein L28P  50 
 
 		 78 aa  90.1  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.608 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1312  ribosomal protein L28  61.54 
 
 		 78 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03494  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138765  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  47.44 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  50.65 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  50.67 
 
 		 77 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000229702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03446  hypothetical protein  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00212142  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  50.65 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466012  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  47.44 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  47.44 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4062  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000394805  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  50.67 
 
 		 77 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  50.65 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000024574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000990162  hitchhiker  0.000000134659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  51.95 
 
 		 78 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  50.65 
 
 		 78 aa  88.2  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  50.65 
 
 		 78 aa  88.2  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>