More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2137 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2137  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
299 aa  596  1e-169  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9079  rRNA methylase protein  64.66 
 
 
274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0332  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.28 
 
 
272 aa  305  7e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0573  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.74 
 
 
272 aa  298  8e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16290  rRNA methylase  55.34 
 
 
289 aa  292  4e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.484728  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2329  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.22 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  32.68 
 
 
274 aa  149  5e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.06 
 
 
286 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.08 
 
 
267 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000197241  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.74 
 
 
266 aa  135  8e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.85 
 
 
286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  28.09 
 
 
257 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.33 
 
 
294 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
286 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  31.64 
 
 
297 aa  126  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  31.64 
 
 
297 aa  126  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0863  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 
266 aa  125  9e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  29.08 
 
 
267 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2845  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
269 aa  124  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164972  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  29.8 
 
 
257 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2613  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.1 
 
 
285 aa  122  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.09 
 
 
269 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.52 
 
 
296 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.18 
 
 
272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
266 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.06 
 
 
261 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0612  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.08 
 
 
274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167987  normal  0.356127 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0537  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.98 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0842858  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  27.01 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  31.92 
 
 
294 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3823  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.46 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0827889  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.2 
 
 
262 aa  115  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4637  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
262 aa  115  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0580801  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2169  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.71 
 
 
261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000507695  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08786  putative rRNA methylase  29.48 
 
 
264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.22 
 
 
286 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  35.61 
 
 
260 aa  113  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.08 
 
 
270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.74 
 
 
262 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1819  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.26 
 
 
269 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.175485  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1225  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.25 
 
 
267 aa  109  6e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0314273  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.07 
 
 
316 aa  108  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.43 
 
 
248 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1483  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.29 
 
 
297 aa  106  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000016152 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.01 
 
 
270 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.86 
 
 
248 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.86 
 
 
248 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.94 
 
 
260 aa  103  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.59 
 
 
254 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.71 
 
 
252 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.05 
 
 
272 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
245 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.28 
 
 
270 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.625975  normal  0.133256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.32 
 
 
257 aa  102  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.13 
 
 
250 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1106  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.59 
 
 
275 aa  102  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0367353  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.23 
 
 
266 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.13 
 
 
251 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  34.26 
 
 
271 aa  101  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.33 
 
 
236 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.47 
 
 
248 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3166  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.09 
 
 
264 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.197409  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1083  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.51 
 
 
263 aa  100  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.29895  normal  0.337706 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.27 
 
 
254 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.38 
 
 
264 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  38.16 
 
 
277 aa  99.8  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.42 
 
 
254 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.42 
 
 
283 aa  99.8  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.914691 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  33.59 
 
 
275 aa  99.4  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.18 
 
 
315 aa  99.4  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0683  spoU rRNA methylase family protein  29.28 
 
 
265 aa  99  8e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.827085  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.84 
 
 
260 aa  99  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
314 aa  99  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36 
 
 
261 aa  98.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.14 
 
 
262 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000674359  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1035  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  38.01 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1357  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.63 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.79 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  27.41 
 
 
245 aa  97.8  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.85 
 
 
276 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.14 
 
 
413 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.13 
 
 
255 aa  97.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.55 
 
 
416 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.06 
 
 
247 aa  97.4  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  35.26 
 
 
248 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.18 
 
 
255 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.55 
 
 
442 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  39.64 
 
 
322 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  34.62 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  39.87 
 
 
323 aa  96.3  5e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.14 
 
 
542 aa  96.3  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  32.65 
 
 
234 aa  96.3  6e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22400  rRNA methylase  34.47 
 
 
280 aa  95.9  7e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  36.84 
 
 
536 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1728  rRNA methylase  27.82 
 
 
257 aa  95.9  8e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  34.62 
 
 
248 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1437  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.64 
 
 
235 aa  95.5  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418693  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0915  rRNA methylase  26.39 
 
 
255 aa  95.5  9e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00701819  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  33.97 
 
 
250 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>