More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2009 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 
246 aa  494  1e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  97.13 
 
 
245 aa  472  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  61.51 
 
 
248 aa  287  1e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  56.49 
 
 
257 aa  265  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3820  transcriptional regulator, GntR family  54.77 
 
 
260 aa  248  6e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0228383  hitchhiker  0.00324252 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1304  UbiC transcription regulator-associated domain protein  54.67 
 
 
233 aa  220  1.9999999999999999e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0056  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  54.15 
 
 
232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.210738 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1316  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
237 aa  204  7e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.87625  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  46.28 
 
 
268 aa  204  7e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  46.52 
 
 
244 aa  203  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  47.83 
 
 
249 aa  199  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  45.53 
 
 
248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  44.78 
 
 
269 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  43.78 
 
 
242 aa  195  6e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  45.65 
 
 
246 aa  191  6e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  43.48 
 
 
239 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  41.48 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3697  transcriptional regulator, GntR family  44.35 
 
 
252 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00311768  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  38.77 
 
 
245 aa  152  4e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  37.23 
 
 
247 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  37.34 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
248 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
243 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
243 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
243 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
243 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  38.17 
 
 
255 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  38.36 
 
 
243 aa  135  8e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  33.76 
 
 
242 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  38.43 
 
 
244 aa  129  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  38.12 
 
 
238 aa  129  6e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  39.22 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
266 aa  125  7e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
244 aa  123  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 
245 aa  122  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5638  transcriptional regulator, GntR family  38.2 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.797984 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 
195 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 
195 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  35.6 
 
 
195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
241 aa  118  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
241 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  32.61 
 
 
233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 
241 aa  115  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  35.65 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4032  transcriptional regulator, GntR family  35.93 
 
 
246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.495604  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  33.77 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.06 
 
 
242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05080  transcriptional regulator  35.44 
 
 
259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.764166  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
240 aa  111  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 
260 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5461  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7203  transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.277726  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1234  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.38 
 
 
272 aa  108  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.550496  normal  0.0276711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
264 aa  109  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 
242 aa  108  8.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.47 
 
 
245 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4184  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 
185 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000338347  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  31.72 
 
 
256 aa  107  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
252 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
252 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
252 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 
245 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 
256 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  34.53 
 
 
254 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  33.8 
 
 
239 aa  106  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0076  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 
233 aa  105  6e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.68 
 
 
255 aa  105  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
233 aa  105  9e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
271 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3508  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
246 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  27.35 
 
 
265 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.58 
 
 
249 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.48 
 
 
239 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.33 
 
 
263 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
286 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  33.05 
 
 
257 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  27.35 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
236 aa  103  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.39 
 
 
244 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.39 
 
 
244 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 
285 aa  103  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>