208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1518 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  555  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  94.96 
 
 		 278 aa  508  1e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  49.82 
 
 		 287 aa  262  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  48.18 
 
 		 285 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  48.91 
 
 		 283 aa  241  7e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  47.69 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  43.32 
 
 		 290 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  45.86 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 285 aa  219  5e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  43.46 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  45.49 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  44.09 
 
 		 287 aa  215  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  41.43 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  49.04 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  48.28 
 
 		 280 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  46.07 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  42.55 
 
 		 292 aa  209  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  40.43 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  43.73 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  41.43 
 
 		 288 aa  205  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.71 
 
 		 292 aa  204  9e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  41.97 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  43.37 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 281 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  43.38 
 
 		 282 aa  202  6e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  45.08 
 
 		 295 aa  199  3e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  41.45 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  40.14 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  44.13 
 
 		 278 aa  196  3e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  43.07 
 
 		 295 aa  195  8.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  39.78 
 
 		 283 aa  194  9e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  40.5 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  40.94 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  43.68 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  42.01 
 
 		 276 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.77 
 
 		 284 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  39.86 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  40.57 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  38.97 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  39.78 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  42.03 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  39.5 
 
 		 308 aa  178  7e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.5 
 
 		 281 aa  175  8e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  40.71 
 
 		 285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  41.99 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  37.01 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  35.54 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.69 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  36.79 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 285 aa  158  8e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  35.38 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  39.85 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  37.82 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  33.7 
 
 		 284 aa  153  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.91 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 278 aa  152  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  36.88 
 
 		 284 aa  149  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  37.63 
 
 		 284 aa  149  7e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  40.08 
 
 		 287 aa  148  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  38.21 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  39.68 
 
 		 276 aa  145  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.9 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 285 aa  145  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.11 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 282 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  35.02 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  43.18 
 
 		 212 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  36.44 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  34.98 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4490  transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 284 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  33.1 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.89 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  29.39 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  36.68 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  34.17 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  33.11 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  33.21 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.39 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0731579  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  34.72 
 
 		 326 aa  122  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1351  putative DNA-binding protein  33.45 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>