189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1349 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  94.2 
 
 		 293 aa  564  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  48.62 
 
 		 295 aa  272  6e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  46.6 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  44.44 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  39.79 
 
 		 287 aa  179  4.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  40.07 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  38.6 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  37.81 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  37.55 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  41.04 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  36.4 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  37.46 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  36.19 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  36.46 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  38.2 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  34.38 
 
 		 288 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  38.52 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  38.49 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  35.54 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  37.63 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  38.43 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 287 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  36.26 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  34.47 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  36.14 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.94 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  33.97 
 
 		 278 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  37.28 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 282 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  37.41 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  33.68 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  35.99 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  35.44 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  35.34 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  36.16 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  35.42 
 
 		 287 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  35.42 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  32.71 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  34.22 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  35.52 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  34.63 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  36.73 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  34.8 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  33.8 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  31.32 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  35.64 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  32.65 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  32.76 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  31.85 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  35.74 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 276 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.07 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  33.11 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  36.79 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  33.45 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.68 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  29.75 
 
 		 291 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.73 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  30.83 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36600  Helix-turn-helix protein  31.23 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0503658  normal  0.196065 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.55 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  31.94 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  29.79 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  35.86 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  29.47 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  29.15 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  26.76 
 
 		 279 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  33.47 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6373  hypothetical protein  32.51 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 270 aa  99.4  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  30.08 
 
 		 285 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  27.46 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4245  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 288 aa  95.9  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.116487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.39 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  29.33 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27070  Helix-turn-helix protein  28.87 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>