200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1270 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
281 aa  565  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  95.02 
 
 
281 aa  542  1e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  45.69 
 
 
287 aa  207  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  39.41 
 
 
293 aa  196  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  40.98 
 
 
283 aa  191  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  39.78 
 
 
285 aa  188  9e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 
301 aa  187  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  40.36 
 
 
285 aa  185  9e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  40.08 
 
 
278 aa  183  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  40.3 
 
 
289 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 
290 aa  180  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  43.45 
 
 
282 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  40.08 
 
 
278 aa  178  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 
291 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  42.45 
 
 
292 aa  176  5e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  41.89 
 
 
289 aa  176  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  38.95 
 
 
283 aa  175  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  36.82 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  38.01 
 
 
288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  39.45 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  37.28 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  39.69 
 
 
291 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 
280 aa  168  7e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 
288 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  36.9 
 
 
296 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  39.48 
 
 
303 aa  165  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  38.72 
 
 
410 aa  165  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  38.17 
 
 
288 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  35.74 
 
 
287 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  35.64 
 
 
288 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  38.58 
 
 
294 aa  159  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  37.05 
 
 
285 aa  159  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  40.07 
 
 
282 aa  157  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  37.01 
 
 
287 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  41.04 
 
 
295 aa  156  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  36.59 
 
 
284 aa  156  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  39.11 
 
 
300 aa  156  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  36.98 
 
 
291 aa  156  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 
278 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  35.82 
 
 
303 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  34.89 
 
 
295 aa  154  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 
290 aa  153  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.42 
 
 
292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  40.24 
 
 
295 aa  152  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 
286 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  37.31 
 
 
287 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  36.63 
 
 
287 aa  149  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 
288 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  36.61 
 
 
284 aa  148  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.4 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  36.43 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  37.78 
 
 
301 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  36.46 
 
 
308 aa  145  6e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  38 
 
 
299 aa  145  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 
285 aa  145  8.000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  34.46 
 
 
282 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
287 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.78 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  37.17 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  38.85 
 
 
270 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
293 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.62 
 
 
284 aa  139  7e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  34.81 
 
 
302 aa  137  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  37.39 
 
 
276 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 
285 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 
279 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  34.4 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  36.4 
 
 
264 aa  136  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0107  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 
297 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  33.58 
 
 
293 aa  132  6e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 
301 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.4 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  33.21 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  40.91 
 
 
212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  34.01 
 
 
296 aa  130  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  33.81 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  35.48 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  32.25 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 
286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  40.97 
 
 
290 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  35.34 
 
 
294 aa  122  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  32.51 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 
285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 
297 aa  119  6e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  30.96 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  31.9 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0632  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 
285 aa  116  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  39.88 
 
 
274 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  34.81 
 
 
292 aa  115  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1479  hypothetical protein  35.48 
 
 
284 aa  115  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  31.71 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6373  hypothetical protein  33.1 
 
 
286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1472  hypothetical protein  32.25 
 
 
287 aa  113  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  33.45 
 
 
284 aa  112  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>