145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1176 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1176  regulator of chromosome condensation, RCC1  100 
 
 
567 aa  1085    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.308067  normal  0.550522 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1179  cell wall anchor domain-containing protein  63.12 
 
 
558 aa  598  1e-170  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1086  cell wall anchor domain-containing protein  63.14 
 
 
566 aa  601  1e-170  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.628609  normal  0.014892 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1539  regulator of chromosome condensation RCC1  60.88 
 
 
569 aa  568  1e-161  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781451  hitchhiker  0.00406058 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1193  cell wall anchor domain-containing protein  64.24 
 
 
577 aa  567  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1585  regulator of chromosome condensation, RCC1  62.97 
 
 
570 aa  566  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.179205  normal  0.90186 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1072  regulator of chromosome condensation RCC1  60.99 
 
 
553 aa  556  1e-157  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0600576  decreased coverage  0.000288682 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2349  cell wall anchor domain-containing protein  59.11 
 
 
551 aa  544  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.0247307 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4383  regulator of chromosome condensation RCC1  59.86 
 
 
546 aa  511  1e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.843021  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1593  regulator of chromosome condensation RCC1  54.93 
 
 
558 aa  507  9.999999999999999e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0107683  decreased coverage  0.00113997 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4382  regulator of chromosome condensation, RCC1  58.48 
 
 
556 aa  502  1e-141  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000505558 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2567  regulator of chromosome condensation, RCC1  58.79 
 
 
555 aa  499  1e-140  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116375 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2977  regulator of chromosome condensation RCC1  57.89 
 
 
579 aa  493  9.999999999999999e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483456  hitchhiker  0.0000496688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1979  regulator of chromosome condensation, RCC1  58.61 
 
 
554 aa  491  1e-137  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.158856  normal  0.33934 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4652  regulator of chromosome condensation, RCC1  56.17 
 
 
555 aa  482  1e-135  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.197342  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4380  regulator of chromosome condensation RCC1  57.17 
 
 
554 aa  473  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000261598 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1538  regulator of chromosome condensation RCC1  57.73 
 
 
560 aa  466  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00391297 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1715  regulator of chromosome condensation, RCC1  54.25 
 
 
563 aa  442  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000999119 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2978  regulator of chromosome condensation, RCC1  54.09 
 
 
561 aa  435  1e-120  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.310394  hitchhiker  0.0000443731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4565  hypothetical protein  59.09 
 
 
477 aa  431  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.186558 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0264  regulator of chromosome condensation RCC1  53.85 
 
 
792 aa  298  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0100345  normal  0.0222912 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0668  regulator of chromosome condensation RCC1  53.95 
 
 
784 aa  291  2e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000606887  hitchhiker  0.00000503803 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0670  regulator of chromosome condensation RCC1  45.14 
 
 
778 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.0000346041 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0669  regulator of chromosome condensation RCC1  53.28 
 
 
776 aa  280  5e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000957147  hitchhiker  0.000042388 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0421  regulator of chromosome condensation, RCC1  48.6 
 
 
837 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0560026 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4248  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  44.86 
 
 
1848 aa  217  5e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.296495 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1792  regulator of chromosome condensation, RCC1  43.01 
 
 
417 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000741189  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2687  regulator of chromosome condensation, RCC1  40.55 
 
 
821 aa  204  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360144 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4499  regulator of chromosome condensation, RCC1  45.51 
 
 
553 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.243819  hitchhiker  0.00250831 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2272  putative lipoprotein  42.18 
 
 
403 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2688  regulator of chromosome condensation, RCC1  40.18 
 
 
818 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.274478  normal  0.0258848 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1101  alpha-tubulin suppressor  36.64 
 
 
911 aa  194  3e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1863  regulator of chromosome condensation RCC1  40.33 
 
 
593 aa  191  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.59713  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1055  regulator of chromosome condensation RCC1  38.29 
 
 
717 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1251  BNR repeat-containing protein  39.26 
 
 
2082 aa  189  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0956  regulator of chromosome condensation RCC1  35.35 
 
 
743 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2802  regulator of chromosome condensation RCC1  40.56 
 
 
389 aa  184  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1475  regulator of chromosome condensation, RCC1  33.97 
 
 
1919 aa  181  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1729  regulator of chromosome condensation RCC1  41.41 
 
 
681 aa  181  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.378302 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1189  regulator of chromosome condensation, RCC1  33.01 
 
 
1679 aa  178  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2304  alpha-tubulin suppressor  33.33 
 
 
461 aa  177  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.876578  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1007  regulator of chromosome condensation RCC1  37.59 
 
 
443 aa  177  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1051  regulator of chromosome condensation RCC1  34.64 
 
 
714 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_89498  predicted protein  45.05 
 
 
376 aa  171  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.034274  normal  0.0389123 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3185  Ig family protein  38.22 
 
 
1129 aa  168  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0799  alpha-tubulin suppressor  31 
 
 
461 aa  167  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.16068  decreased coverage  0.00221798 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0016  regulator of chromosome condensation, RCC1  56.9 
 
 
209 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3298  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  35.96 
 
 
706 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0960  BNR repeat-containing protein  35.6 
 
 
449 aa  163  7e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0736661  normal  0.223675 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06370  RCC1 domain-containing protein, alpha-tubulin suppressor  35.6 
 
 
737 aa  160  6e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688875  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0161  alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain-containing proteins-like protein  36.08 
 
 
726 aa  157  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2892  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain-containing protein-like protein  38.63 
 
 
835 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1102  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  33.6 
 
 
787 aa  150  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1395  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  34.09 
 
 
941 aa  141  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0258  cellulosome enzyme, dockerin type I  32.95 
 
 
469 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000567445  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2569  regulator of chromosome condensation RCC1  31.87 
 
 
363 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00852612  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0430  alpha-tubulin suppressor  30.7 
 
 
807 aa  135  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_3182  predicted protein  30.41 
 
 
341 aa  135  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1101  regulator of chromosome condensation RCC1  31.96 
 
 
1187 aa  134  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0168  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  32.71 
 
 
817 aa  134  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.638374 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0169  regulator of chromosome condensation RCC1  34.44 
 
 
1207 aa  134  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.26578 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2565  regulator of chromosome condensation RCC1  32.5 
 
 
363 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0283551  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5337  regulator of chromosome condensation RCC1  37.13 
 
 
618 aa  131  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4451  serine/threonine protein kinase  32.11 
 
 
745 aa  130  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4027  regulator of chromosome condensation RCC1  34.52 
 
 
638 aa  130  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2494  regulator of chromosome condensation, RCC1  62.14 
 
 
209 aa  127  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06510  RCC1 domain-containing protein, alpha-tubulin suppressor  35.63 
 
 
900 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.10191  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3078  cysteine-rich repeat protein  34.05 
 
 
602 aa  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.636545  normal  0.0925593 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5721  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  34.71 
 
 
810 aa  123  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4469  Fibronectin type III domain protein  36.36 
 
 
624 aa  120  6e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2677  regulator of chromosome condensation RCC1  34.73 
 
 
544 aa  120  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0824266  normal  0.249754 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0835  regulator of chromosome condensation, RCC1  35.22 
 
 
454 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000342625  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6709  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  34.07 
 
 
535 aa  120  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.93763 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3566  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain-containing protein-like protein  29.18 
 
 
728 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000426417  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0742  copper amine oxidase domain-containing protein  31.61 
 
 
547 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1922  regulator of chromosome condensation RCC1  36.21 
 
 
1222 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00199148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0983  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  32.9 
 
 
1147 aa  115  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657675  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1923  regulator of chromosome condensation, RCC1  37.17 
 
 
692 aa  114  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.611736  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  33.5 
 
 
2816 aa  113  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_4127  predicted protein  29.32 
 
 
390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.048963  normal  0.0914218 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_4661  predicted protein  32.91 
 
 
328 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0235224  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3425  regulator of chromosome condensation RCC1  34.16 
 
 
450 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_36955  predicted protein  31.92 
 
 
418 aa  110  6e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000048809  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1358  hypothetical protein  29.27 
 
 
375 aa  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_48985  predicted protein  30.79 
 
 
547 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28587  predicted protein  36.92 
 
 
332 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_06978  RCC1 Chromatin-associated guanine nucleotide exchange factor for Ran (Eurofung)  31.1 
 
 
533 aa  103  7e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.359192 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49595  predicted protein  26.67 
 
 
643 aa  103  8e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.107678  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1394  immunoglobulin I-set domain-containing protein  30.57 
 
 
1126 aa  103  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_45032  predicted protein  32.03 
 
 
1312 aa  102  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1045  BNR repeat-containing protein  30.24 
 
 
454 aa  101  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.331835  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3493  Alpha-tubulin suppressor and related RCC1 domain- containing protein-like protein  29.26 
 
 
921 aa  100  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00348376  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3372  regulator of chromosome condensation RCC1  36.84 
 
 
375 aa  100  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.582545  normal  0.977781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2856  BNR repeat-containing protein  31.84 
 
 
447 aa  100  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1230  regulator of chromosome condensation  26.55 
 
 
558 aa  96.3  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4142  regulator of chromosome condensation RCC1  29.12 
 
 
575 aa  96.3  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1070  hypothetical protein  65.06 
 
 
177 aa  94.4  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152299  hitchhiker  0.000653482 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_2338  predicted protein  26.5 
 
 
399 aa  93.6  8e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.244715  decreased coverage  0.000248727 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41011  predicted protein  27.25 
 
 
727 aa  90.5  8e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37043  predicted protein  28.19 
 
 
643 aa  89.4  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>