More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0628 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 67 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  92.54 
 
 		 67 aa  131  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.57 
 
 		 67 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  85.07 
 
 		 67 aa  124  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  82.09 
 
 		 67 aa  121  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  82.09 
 
 		 67 aa  120  9e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  80.6 
 
 		 67 aa  118  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.6 
 
 		 67 aa  118  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 		 67 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 		 67 aa  114  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  82.26 
 
 		 62 aa  114  6e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 67 aa  112  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 67 aa  110  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 67 aa  110  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  71.64 
 
 		 67 aa  110  7.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  110  7.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 		 67 aa  110  9e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 67 aa  110  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  107  8.000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 68 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 68 aa  104  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 		 68 aa  103  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  72.73 
 
 		 67 aa  103  8e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 66 aa  99  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 70 aa  99.4  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  68.66 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  66.67 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  69.23 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 		 77 aa  97.4  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 66 aa  97.4  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>