More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0600 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  49.13 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 281 aa  122  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  50.88 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  45.38 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  44.86 
 
 		 265 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 261 aa  102  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 255 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 256 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  31.22 
 
 		 261 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  47 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 156 aa  90.1  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  45.36 
 
 		 141 aa  86.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 157 aa  84  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 519 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  38.38 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  45.54 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  44.57 
 
 		 145 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 148 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 144 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 142 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 168 aa  77.4  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 530 aa  76.6  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 150 aa  75.9  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.66 
 
 		 156 aa  75.9  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3799  transcriptional regulator Ada / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  25.32 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  30.09 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 162 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.07 
 
 		 537 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 515 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  37.62 
 
 		 144 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.23 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  33.94 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  34.69 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.2 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  36.08 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  31.53 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 140 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 204 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  31.58 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  32.04 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1575  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  22.93 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  34.62 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 147 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 148 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  34.23 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  34.38 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1536  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.26366 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  31.91 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>