More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0268 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  135  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  135  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.33 
 
 
66 aa  120  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  81.82 
 
 
67 aa  118  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  84.85 
 
 
66 aa  118  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  82.81 
 
 
66 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  78.79 
 
 
66 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 
92 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.1 
 
 
67 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.1 
 
 
67 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
66 aa  110  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  108  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  76.12 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
67 aa  106  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 
67 aa  105  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  76.12 
 
 
67 aa  105  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
67 aa  104  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
67 aa  104  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.63 
 
 
67 aa  102  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
68 aa  101  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  71.64 
 
 
67 aa  100  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 
69 aa  100  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
68 aa  100  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
67 aa  100  7e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  100  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
65 aa  99.4  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
65 aa  97.4  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
68 aa  96.7  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  96.7  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 
94 aa  96.7  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  69.84 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  68.75 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  68.25 
 
 
77 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
66 aa  94.7  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  67.69 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
67 aa  94.7  3e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  94.7  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  94  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 
66 aa  94  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  94  6e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  93.6  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  59.09 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  64.62 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  71.88 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  92  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  67.16 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  92  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  65.08 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 
65 aa  91.3  4e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
65 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
66 aa  91.3  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>