36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0074 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_0074  hypothetical protein  100 
 
 
117 aa  238  3e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.532123  normal  0.327685 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0058  phage integrase family protein  90.52 
 
 
395 aa  217  4e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.251229  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  72.92 
 
 
394 aa  135  3e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0039  integrase family protein  66.3 
 
 
451 aa  125  2e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3913  phage integrase family protein  47.76 
 
 
387 aa  66.2  1e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126543  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2218  phage integrase family protein  47.14 
 
 
388 aa  63.2  1e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3499  integrase family protein  52.31 
 
 
368 aa  60.8  5e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000340769  hitchhiker  0.00860577 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  40.54 
 
 
413 aa  55.5  2e-07  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2508  phage integrase family protein  40.45 
 
 
385 aa  54.3  5e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0956  site-specific recombinase, phage integrase family  40.3 
 
 
323 aa  53.1  1e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12675  phiRv2 prophage integrase  48.39 
 
 
375 aa  53.1  1e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.14455e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1299  phage integrase family site specific recombinase  33.67 
 
 
98 aa  51.6  4e-06  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4364  phage integrase family protein  41.79 
 
 
373 aa  50.8  6e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal  0.417396 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1590  phage integrase family protein  37 
 
 
198 aa  48.9  3e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2351  integrase family protein  37.84 
 
 
427 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.226368  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  29.21 
 
 
265 aa  44.7  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3899  phage integrase family protein  51.92 
 
 
379 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4572  integrase family protein  51.22 
 
 
373 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3873  integrase family protein  38.03 
 
 
439 aa  43.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00124247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  40 
 
 
346 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  37.5 
 
 
377 aa  42.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  30.21 
 
 
391 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  31.03 
 
 
267 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  38.24 
 
 
443 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  39.13 
 
 
378 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  30.49 
 
 
121 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1922  integrase family protein  34 
 
 
401 aa  41.2  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.612381  hitchhiker  0.00155149 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  35.56 
 
 
351 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  35.87 
 
 
370 aa  40.8  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  33.85 
 
 
389 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  34.78 
 
 
357 aa  40.8  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  46.15 
 
 
330 aa  40.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  38.96 
 
 
297 aa  40.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 
328 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.79914e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  42.86 
 
 
331 aa  40  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  42.86 
 
 
331 aa  40  0.01  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>