199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0036 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  593  1e-168  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  95.71 
 
 		 293 aa  542  1e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  53.96 
 
 		 283 aa  314  9e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  50.88 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 301 aa  278  6e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  49.12 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  48.03 
 
 		 282 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  47.14 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  47 
 
 		 291 aa  249  5e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  45.96 
 
 		 283 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  47.04 
 
 		 278 aa  242  5e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  45.55 
 
 		 289 aa  242  5e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  43.62 
 
 		 291 aa  239  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  44.53 
 
 		 292 aa  233  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  43.96 
 
 		 410 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  43.73 
 
 		 285 aa  228  9e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 288 aa  226  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  41.75 
 
 		 287 aa  225  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  43.22 
 
 		 290 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  40.29 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  48.88 
 
 		 278 aa  222  7e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  44.13 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  41.55 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  46.69 
 
 		 280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  45.83 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  41.22 
 
 		 291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  42.6 
 
 		 288 aa  219  5e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  45.96 
 
 		 280 aa  218  7e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  42.14 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  48.13 
 
 		 278 aa  217  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  42.18 
 
 		 294 aa  216  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  41.13 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  40.64 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  44.61 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.65 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  40.57 
 
 		 284 aa  209  5e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  43.46 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  40.6 
 
 		 281 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.37 
 
 		 279 aa  206  5e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  43.02 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  42.75 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  43.77 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  42.36 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  41.28 
 
 		 285 aa  202  6e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  35.92 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  41.64 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  45.98 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  43.02 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  40.5 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 278 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 281 aa  194  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  40.99 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  40.61 
 
 		 276 aa  192  6e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  39.07 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.65 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  37.99 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  40.78 
 
 		 285 aa  185  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.91 
 
 		 278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  37.32 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.34 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  40.86 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  37.18 
 
 		 284 aa  177  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  40.52 
 
 		 301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1349  hypothetical protein  37.81 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.426132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  41.84 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  37.01 
 
 		 285 aa  169  5e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 282 aa  169  6e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.26 
 
 		 281 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  37.46 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.61958  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  38.91 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  35.27 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1944  transcriptional regulator, XRE family  34.3 
 
 		 279 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8469  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 319 aa  162  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.487946 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0644  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  40.66 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  40.91 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  33.8 
 
 		 293 aa  157  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  35.46 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  37.01 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  37.23 
 
 		 281 aa  155  9e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  39.69 
 
 		 274 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  43.45 
 
 		 212 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  34.15 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36660  predicted transcriptional regulator with C-terminal CBS domains  34.05 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0372485  normal  0.380414 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4415  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  32.97 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  37.37 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  35.57 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 326 aa  142  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0264  helix-turn-helix domain protein  34.01 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0859021  normal  0.68216 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 326 aa  142  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  36.8 
 
 		 262 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>