More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssol_1369 on replicon CP001800
Organism: Sulfolobus solfataricus 98/2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  100 
 
 
251 aa  517  1e-146  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  59.75 
 
 
233 aa  310  1e-83  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  49.4 
 
 
338 aa  256  2e-67  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.61 
 
 
338 aa  255  6e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.18 
 
 
331 aa  246  3e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  44.76 
 
 
321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.98 
 
 
333 aa  237  1e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.22 
 
 
331 aa  235  7e-61  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.18 
 
 
331 aa  230  1e-59  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.58 
 
 
335 aa  231  1e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.25 
 
 
328 aa  227  1e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  43.65 
 
 
332 aa  222  4e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.86 
 
 
331 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  41.22 
 
 
503 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  40.82 
 
 
475 aa  211  9e-54  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  41.63 
 
 
322 aa  208  6e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.74 
 
 
359 aa  208  7e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.15 
 
 
333 aa  208  8e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.15 
 
 
333 aa  208  8e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  40.65 
 
 
484 aa  206  2e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.15 
 
 
333 aa  206  2e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.43 
 
 
299 aa  204  1e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  43.98 
 
 
302 aa  204  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  39.43 
 
 
481 aa  202  4e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  43.98 
 
 
282 aa  193  3e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  41.04 
 
 
310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  40 
 
 
411 aa  187  1e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.12 
 
 
286 aa  183  3e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.56 
 
 
299 aa  168  8e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  37.24 
 
 
314 aa  165  5e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  36.29 
 
 
304 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  35.42 
 
 
295 aa  159  3e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  36.14 
 
 
343 aa  159  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  26.64 
 
 
299 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  27.5 
 
 
309 aa  94  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  28.64 
 
 
317 aa  93.2  3e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  26.79 
 
 
309 aa  92.4  7e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  26.45 
 
 
300 aa  88.2  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  26.82 
 
 
310 aa  85.5  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  25.21 
 
 
300 aa  85.5  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  29.2 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  28.44 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  25.93 
 
 
304 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  28.44 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  26.73 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  26.86 
 
 
303 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  27.16 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  27.48 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  26.42 
 
 
305 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  27.85 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  27.27 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  26.34 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  26.42 
 
 
305 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  27.16 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  29.89 
 
 
294 aa  79  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  32.95 
 
 
249 aa  79  0.00000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  26.34 
 
 
297 aa  78.6  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  24.51 
 
 
280 aa  78.6  0.00000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  26.67 
 
 
299 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  26.13 
 
 
300 aa  78.2  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 
314 aa  77  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 
283 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  29.06 
 
 
309 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  28.9 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  31.98 
 
 
314 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  26.56 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  29.68 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
308 aa  74.7  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  28 
 
 
312 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  30.13 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  28.9 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  27.64 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  24.68 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  27.89 
 
 
302 aa  73.9  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  28.05 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  23.51 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  23.51 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  27.11 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  28.65 
 
 
306 aa  73.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  25.89 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  26.17 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  24.39 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  29.68 
 
 
305 aa  72.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  30.32 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  25.11 
 
 
305 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  26.85 
 
 
318 aa  72.4  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  28.32 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  27.52 
 
 
309 aa  72  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  26.85 
 
 
371 aa  72  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  25.68 
 
 
307 aa  72  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  26.1 
 
 
304 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  22.93 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  36.84 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  22.93 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  26.45 
 
 
304 aa  70.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  28.44 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  26.61 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  22.96 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  27.1 
 
 
298 aa  70.1  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  27.62 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>