More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4489 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4489  F0F1 ATP synthase subunit delta  100 
 
 
177 aa  354  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0316955  hitchhiker  0.00000555813 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4901  F0F1 ATP synthase subunit delta  88.14 
 
 
177 aa  321  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00369053  normal  0.260895 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4243  F0F1 ATP synthase subunit delta  84.18 
 
 
177 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000376424  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4313  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.92 
 
 
177 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.324517  hitchhiker  0.0000000000831878 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4510  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.92 
 
 
177 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0612769  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4369  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.92 
 
 
177 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00752836  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4368  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.92 
 
 
177 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3848  F0F1 ATP synthase subunit delta  79.66 
 
 
177 aa  293  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000255174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4750  F0F1 ATP synthase subunit delta  79.66 
 
 
177 aa  293  8e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3755  F0F1 ATP synthase subunit delta  80.23 
 
 
177 aa  293  9e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.267371  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3928  F0F1 ATP synthase subunit delta  78.53 
 
 
177 aa  290  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0640299  hitchhiker  0.00610121 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4133  F0F1 ATP synthase subunit delta  79.1 
 
 
177 aa  290  8e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0221987  normal  0.0205692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4020  F0F1 ATP synthase subunit delta  78.53 
 
 
177 aa  288  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183968  normal  0.914332 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3959  F0F1 ATP synthase subunit delta  77.97 
 
 
177 aa  286  9e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.307164  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3647  F0F1 ATP synthase subunit delta  78.53 
 
 
177 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000294276  unclonable  0.00000779697 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4048  F0F1 ATP synthase subunit delta  76.84 
 
 
177 aa  278  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.572688  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3062  F0F1 ATP synthase subunit delta  60.45 
 
 
177 aa  228  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002027  ATP synthase delta chain  60.45 
 
 
177 aa  226  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002001  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00424  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.32 
 
 
177 aa  221  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4298  ATP synthase F1, delta subunit  59.32 
 
 
177 aa  221  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0142998  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0005  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.32 
 
 
177 aa  219  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000453389  hitchhiker  0.00865282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3990  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.32 
 
 
177 aa  219  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.934211  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4191  F0F1 ATP synthase subunit delta  57.06 
 
 
177 aa  218  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000591932  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0059  ATP synthase F1, delta subunit  58.19 
 
 
177 aa  216  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03619  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00523657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4232  ATP synthase F1, delta subunit  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.245958  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4199  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.22 
 
 
177 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.426244  normal  0.940305 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4259  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000372939  normal  0.0353407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3951  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000356722  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4251  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538372  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4093  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.22 
 
 
177 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03563  hypothetical protein  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00259121  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4103  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00374645  normal  0.126439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5171  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00189703  decreased coverage  0.00512499 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4078  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.22 
 
 
177 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.079303  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4149  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.22 
 
 
177 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0979605  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4186  F0F1 ATP synthase subunit delta  58.76 
 
 
177 aa  214  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000191061  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4258  F0F1 ATP synthase subunit delta  59.22 
 
 
177 aa  214  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.510184  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4254  F0F1 ATP synthase subunit delta  57.06 
 
 
177 aa  214  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.177027  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4129  F0F1 ATP synthase subunit delta  60.34 
 
 
177 aa  214  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000754285  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2525  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.93 
 
 
177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.046669  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4544  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.93 
 
 
177 aa  209  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0114562  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4223  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.37 
 
 
177 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000462366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4179  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.37 
 
 
177 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000101182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4205  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.37 
 
 
177 aa  206  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000051054  normal  0.165641 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3733  ATP synthase F1, delta subunit  53.67 
 
 
177 aa  205  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1699  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.07 
 
 
182 aa  176  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.315472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73280  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.19 
 
 
178 aa  168  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6359  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.19 
 
 
178 aa  168  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.399454  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0144  ATP synthase F1, delta subunit  44.38 
 
 
177 aa  164  5.9999999999999996e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  decreased coverage  0.000353318  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5124  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.75 
 
 
178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.863545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5416  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.88 
 
 
178 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.952329  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5434  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.88 
 
 
178 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5298  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.88 
 
 
178 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243387  normal  0.15096 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5602  ATP synthase F1, delta subunit  47.19 
 
 
178 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5203  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.31 
 
 
178 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.021535  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5733  F0F1 ATP synthase subunit delta  46.07 
 
 
178 aa  155  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607755  normal  0.419726 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0307  ATP synthase F1, delta subunit  41.57 
 
 
178 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000503063  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3308  H(+)-transporting two-sector ATPase  43.18 
 
 
178 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.276301  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4465  ATP synthase F1, delta subunit  42.13 
 
 
178 aa  142  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00110137  hitchhiker  0.0000000108481 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2590  ATP synthase F1, delta subunit  42.05 
 
 
178 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.570122  normal  0.0802262 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3878  ATP synthase F1, delta subunit  44.38 
 
 
178 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000205385  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3287  ATP synthase F1, delta subunit  40.22 
 
 
178 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.19524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2872  F0F1 ATP synthase subunit delta  40.68 
 
 
179 aa  138  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3969  F0F1 ATP synthase subunit delta  39.2 
 
 
178 aa  133  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00110961  normal  0.295514 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3056  F0F1 ATP synthase subunit delta  42.7 
 
 
180 aa  130  9e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2913  F0F1 ATP synthase subunit delta  42.7 
 
 
180 aa  130  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3077  F0F1 ATP synthase subunit delta  40.91 
 
 
178 aa  127  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.26673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4610  ATP synthase F1, delta subunit  37.64 
 
 
178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.994341  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52190  F1 sector of membrane-bound ATP synthase, delta subunit  39.88 
 
 
178 aa  124  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2800  F-type H+-transporting ATP synthase, delta (OSCP) subunit  35.03 
 
 
178 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31614  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3349  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.27 
 
 
179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2168  ATP synthase F1, delta subunit  38.37 
 
 
178 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2433  F0F1 ATP synthase subunit delta  36.72 
 
 
178 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270416  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2747  ATP synthase F1, delta subunit  36.16 
 
 
178 aa  112  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00491756  normal  0.287613 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3514  F0F1 ATP synthase subunit delta  36.36 
 
 
175 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2328  ATP synthase F1, delta subunit  38.07 
 
 
178 aa  111  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000241371  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0009  ATP synthase F1, delta subunit  32.58 
 
 
178 aa  111  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06107  ATP synthase F1, delta subunit  35 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3497  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
180 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  0.242714 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03110  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.86 
 
 
175 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0212  ATP synthase F1, delta subunit  39.33 
 
 
177 aa  106  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0179  ATP synthase delta chain  32.07 
 
 
185 aa  105  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2145  ATP synthase F1, delta subunit  32.07 
 
 
185 aa  105  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3897  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.83 
 
 
179 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.890159  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0369  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.44 
 
 
180 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.398312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0417  F0F1 ATP synthase subunit delta  35 
 
 
179 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.497202  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2027  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.66 
 
 
207 aa  101  5e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00873114  normal  0.0511628 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0037  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.27 
 
 
179 aa  101  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0129228  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2330  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.66 
 
 
207 aa  101  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00362801  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3030  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
179 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0427  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
175 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0288097  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0488  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
175 aa  99.8  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.168229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3529  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.28 
 
 
177 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0244392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0190  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.43 
 
 
209 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00459232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0194  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
177 aa  97.8  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0300  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.6 
 
 
180 aa  97.1  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205261  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0305  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.6 
 
 
180 aa  97.1  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0324  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.89 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201646  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0182  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.02 
 
 
179 aa  95.9  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.98764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>